在哈萨尼和A上尉的率领下，幻影F.1的飞行还在继续，当飞机的数量扩大至8架(其中2架双座机)后，加入中队的飞行员也更多了。由于缺少引信的检查以及给飞机布线的电气元件，自给自足圣战委员会发起了另一个项目，他们根据F-5E/F的内侧挂架发展出了一个适配器，可以装在幻影的内侧挂架上，这使得幻影可以挂在F-5E/F的中线副油箱。这个项目被命名为“神秘”，但该项目第一次试飞丢失了2个改装的挂架和副油箱后便被取消了。
中队里的所有新飞行员都来自于使用F-4E的31TFS中队，第一期幻影训练课程与1998年开始，随着中队里幻影飞行员数量的增加，编队训练也被采纳进来。一些幻影F.1原始的维护清单和技术规范都来自于数年前，而最初的幻影F.1EQ飞行手册是在1998年通过伊拉克的渠道而获得的，然而这份手册并不完整，也没有将新飞行员的训练包括进去。因为伊朗空军的幻影F.1飞行员训练和法国空军有很大的不同，导致伊朗的训练项目存在不足。由于持续缺少技术文件或手册、以及飞行模拟器，伊朗空军只批准经验相当丰富的飞行员才能驾驶幻影。他们所有人都参与了两伊战争，在伊斯兰革命前曾到美国受训。
艾拉希上校在1999年回到幻影中队，并于当年9月完成课程，随后成为了一名教官飞行员，接替了哈萨尼上校的职务。
3-6126号机是9架飞到伊朗的幻影F.1EQ-6之一，也是第3架恢复飞行状态的，这架飞机安装了更现代化的歇洛克雷达全向告警器和马丁.贝克Mk10弹射座椅。在阿斯拉项目中，这架飞机的主翼内侧挂架经过了改装，可以挂载F-5E/F的副油箱。在地面和飞行测试中出现技术故障后，这个项目就被取消了。飞机上的迷彩和伊朗空军F-14以及RF-4E的迷彩相似。
在马什哈德的插曲
那些负责幻影中队维护的部队继续着他们的大修工作，更多的飞机随之带来更多的飞行员加入。在1999年初，伊朗空军司令部决定将能飞的幻影部署到TFB.14伊玛目雷扎基地，这里位于伊朗东北部的马什哈德。5个月后，10架幻影——其中包括了4架幻影F.1EQ-6、2架幻影F.1EQ-5、1架幻影F.1EQ-4和1架幻影F.1BQ——进驻马什哈德，因为多数幻影飞行员不熟悉其惯性导航系统，所以转场的时候只好由一架F-4E来带队。
在幻影抵达前，TFB.14基地内就驻扎有141TFS中队的F-5E/F，惯于维护F-5E/F的技术员们并不熟悉幻影，因此为了新来的幻影，TFB.3基地训练了20名TFB.14基地的技术员来熟悉这种飞机。2000年，又有2架幻影F.1EQ-6加入进来，让飞机的总数达到了12架。抵达马什哈德以后，他们被赋予142TFS中队的番号。
幻影F.1BQ-3 3-6403时伊朗飞机工业公司修好的第2架幻影F.1，在2010年刷上了小亚细亚II迷彩，但是在2013年4月，伊朗空军作战部命令把这架飞机换成蓝/灰双色迷彩，这样更适合防空任务。
幻影的飞行在2001年7月5日停止了，原因是当时幻影F.1EQ-6 3-6217(前伊拉克空军4651号机)因为技术故障而坠毁，飞行员纳斯尔.哈比比佐哈姆(Naser Habibi-zoham)上校身亡。他在09:30起飞，对准塔巴斯机场的非指向信标进行导航训练，途中一台液压系统的泵失灵了，于是决定返回马什哈德紧急降落。距离基地数英里的时候，飞机的操纵杆因为液压系统失灵而没有响应，所以他拉动座舱盖弹出的把柄，并启动弹射座椅。炸药正常工作，但是安全带控制盒很快就脱离，导致他飞出座舱的时候没了降落伞。哈比比上校当时是TFB14基地的作战助理，事故后的调查显示这完全是由于缺少零配件而导致的技术故障。
90年代末，法国政府同意向伊朗提供了50架二手幻影F.1C和1000枚魔术I空空导弹，但是伊朗人却没钱购买。
这些驻扎在TFB14基地的幻影在90年代末被用于伊朗东部的缉毒行动，而塔利班经常和伊朗的边境守卫发生交火。与F-5E/F一样，幻影也被用于执行近距离空中支援和目视侦察任务。
142TFS中队最后的10名幻影F.1飞行员正在担心他们的飞行安全问题，由于缺少新的零配件，飞行控制的液压系统和发动机时常发生故障甚至失效。那些从拆毁的幻影F.1上拿来的零配件也没有规定的寿命时限，而且也无法保证是否能正常工作。飞行员就等着失灵或者故障的突然发生，缺少零配件也意味着在TFB14基地内只有6架幻影可以飞行，而且都只能执行部分作战任务，雷达无法使用，此外，绝大多数的惯性导航系统也出了问题。
哈比比工程中被修复的第一架幻影F.1就是3-6407号机，这架飞机已经于2008年在马什哈德完成了部分升级。飞机进气道的上的一个特殊标志代表其是第一架完成大修的幻影F.1。
3-6217号机的坠毁导致伊朗空军的安全飞行委员会签署了一系列的命令，停止所有伊朗幻影的飞行。停飞也许来得正是时候，因为伊朗空军的技术员猜想这些飞机的飞行时间只剩下100至300小时，已经需要进行大修了，但因为缺少设备、知识、零配件和资金而无法完成。
第二次大修
梅赫拉巴德机场并没有多余的加固掩体来容纳幸存的幻影，因此所有的飞机和141TFS中队的F-5E/F、31TFS中队的F-4E只能一起停放在停机坪上。这座基地里的“应急”设施只有2座加固飞机掩体，以及在主停机坪北边的一大片维护厂房。所有幻影封存后又建造了第二座武器和零配件仓库，还有4座新的加固飞机掩体。
幻影F.1EQ的维护手册上写着这种飞机应该被保存在寒冷和干燥的机库里。然而，卫星照片显示这些飞机被停放在TFB14基地的空地上，仅仅把飞机的座舱、风挡、雷达罩被盖住以避免太阳的暴晒，而发动机和航炮则被拆掉，起落架被留下来生锈，主翼暴露在太阳下。技术员们每个月定期对这6架飞机的发动机进行热车以防止轮胎凹痕和发动机故障。
在TFB.1基地内等待起飞的是F-4D 3-6714和幻影F.1EQ-4 3-6205，这2架飞机将前往迪兹富勒，参加瓦赫达提基地的航展。
在伊朗建军节阅兵（2008年4月17日）准备活动上，伊朗空军司令部收到来自伊朗武装部队司令部的指示，说至少修好3架幻影F.1来参加阅兵活动。到2008年1月，一群经验丰富的幻影F.1技术员和141TFS中队的F-5E/F技术员已经准备好了2架幻影F.1BQ(3-6045和3-6046号机)以及一架幻影F.1EQ-6(3-6215号机)。
因为此时所有10名伊朗幻影飞行员都退役或者回到了原来的部队里，因此，4名21TFS和141TFS中队的F-5E飞行员被重新选中参与适应飞行。有2名前幻影飞行员(现在在TFB3基地驾驶F-4E)被调回到TFB14基地训练新的机组。在2008年1月至4月间，他们完成了短期的换装训练，并在4月17日抵达TFB1基地，准备参加140架飞机组成的大编队阅兵。虽然只有幻影三机编队参与检阅，但伊朗官方正式宣布这种飞机正式重新服役。就在检阅之后并刚从德黑兰南部的霍梅尼墓上空飞过没多久，由于缺少能用的惯性导航设备，幻影飞行员就失去了梅赫拉巴德的着陆信标引导信号。急情之下，他们降落在了德黑兰南部的霍梅尼国际机场。这些飞机在那里停放了30多天，然后由技术员来修理，准备飞往梅赫拉巴德。一周后，3-6215和3-6406号机升空了，但3-6405号机却由于技术问题被继续停飞。
2013年12月1日，2架幻影F.1，EQ-6 3-6210和BQ-3 3-6407首次使用了特制的阿尔坎挂架和275加仑副油箱，从拉什伽里的TFB.10基地飞行882英里到TFB.1基地，中间没有停留，2架飞机都在伊朗飞机工业公司进行大修。
