为了保护飞机免遭圣战者在1985至86年间大量采用的红外制导导弹攻击，苏-25的垂尾两侧起初安装了4个ASO-2V-01红外干扰弹发射器。打出PPI-26红外干扰弹来扰乱导弹的热引导头，该引导头很容易被高温耀斑干扰。然而，这种发射器在长时间的攻击下无法持续为飞机提供保护，因为里面只有126发红外干扰弹。迅速加强苏-25防御红外导地空导弹能力的措施就是于发动机舱上方再增加4个ASO-2V-01红外干扰弹发射器，把红外干扰弹的数量从126发增加到256发。同时，发射按钮被转移到飞行员的操纵杆上。8架安装了32个红外干扰弹发射器的苏-25可以不间断地按照预先设定的顺序发起多达8次攻击。1986年初，378OshAP团的第一架苏-25在阿富汗前线完成了这样的改装。
不断增长的地空导弹和高射炮威胁同样也意味着在巴格拉姆的苏-25飞行员不得不笔直地进场，以便尽可能长时间地呆在机场的保护范围内。从机场上方7900至9200英尺的高度开始，飞行员快速地盘旋下降。即便采用了这种防御性的措施，1987年1月21日，康斯坦丁.帕夫柳科夫(Konstantin Pavlykov)上尉在驾机离开巴格拉姆后左转前往喀布尔期间被击落。接下来的起降过程中都有2架米-24双机在机场面不停的飞行，压制在这座基地周围圣战者控制的绿区内任何可能出现的地空导弹痕迹。
鸟瞰1988年的坎大哈机场，这里在1986年2月至1988年7月间是3AE中队的永久驻扎地。
在1986年末至1987年初，圣战者们得到了FIM-92毒刺肩扛式地空导弹后，苏军飞机被击落和受损的数量急剧增长。接下来采取了新的战术，以降低攻击机在导弹面前的脆弱性。比如，空袭机群从四机编队变成了八机编队，4架苏-25在上方盘旋，准备随时提供支援。
飞行员同样还被建议从19700英尺至21300英尺高度之间飞向目标，然后以15秒钟的时间间隔进行单机轮流攻击。每架飞机只进行一次攻击，直接冲下去投弹(比如，之前没有在目标区上空盘旋)，在任何可能的情况下背对着太阳发起。接下来跟进攻击的飞机从不同的方向进入，攻击的偏移角为15°至20°，俯冲角度为45°至60°，而且只采用手动瞄准模式。炸弹在距离地面19700至13100英尺的高度上被扔下，最低高度被限制于11480英尺(比如在俯冲时的最低点，再拉起飞机爬升)。扔下炸弹后，还要打出红外干扰弹，直至飞机回到19700英尺高度。拉起时，建议的爬升角度为25°至30°，过程中，飞机将以Z字线飞行，左右摇摆45°，同时以50°至60°坡度滚转。
1986年下半年，当战场上的毒刺地空导弹和20mm高射炮数量增加后，所有预定目标的空袭均一次通场完成。然而，在前进空中管制员引导下的近距离空中支援任务中轰炸补给车队或者其它目标仍旧需要3至4次危险的低空重复攻击，目的是为了达到应有的效果。
1986年7月，3AE中队被派去支援多军种联合作战，旨在消灭盘踞于坎大哈南部绿区内的敌人。苏-25为地面部队提供近距离空中支援，每天起落30至40个架次。然而，行动遭遇了“绿色地带”内圣战者的激烈抵抗，因而时间被延长了，结果，苏军部队遭受了惨重的损失。借助着从旁边巴基斯坦源源不断运来的补给，敌人能够守住“绿色地带”深处的据点。为了寻求结束这次攻势，同时防止更多的伤亡出现，第40集团军的指挥官下令驻扎在坎大哈经验最丰富的"蛙足"飞行员于夜间前往12条疑似圣战者补给道路的地区进行航空布雷。
在苏联空军于阿富汗完成了60000多个战斗起落架次中，有超过一半都是于高空飞行的，以躲开地面火力。1986年末，毒刺导弹出现后迫使低空强击机离开了它们原有的作战环境----“蛙足”是苏联空军最有效的近距离空中支援武器，这里，一架第7或第8批次的“红22”正在阿富汗的山区上空飞行，照片摄于1987年前半年。
3AE中队的副中队长兼政治指导员亚历山大.科什金(Alexander Koshkin)上尉就是一小批带着KMGU-2地雷布撒器上天布雷的飞行员之一。布雷的飞行速度在340至435英里/小时之间，高度在660至1312英尺之间。每次布雷时，飞机只要要保持12秒地笔直飞行，接下来是一个U型转向，然后再度布雷。这使得苏-25成为了重机枪和地空导弹绝好的靶子。科什金描述道他在执行这种危险的任务是是怎样去提高他的生还机会的：
"为了在低空多次通场期间降低飞机在地面火力前的脆弱性，我决定借助着夜色的掩护飞行，用照明炸弹照亮目标区。敌人道路位于阿尔甘纳布(Arganab)河边的一块平原地区内，使得我们能够安全地在夜间低空飞行。我做了一些任务计算，显示出僚机鲁斯塔姆.扎格雷蒂迪诺夫(Rustam Zagretidinov)扔下的一串照明炸弹足够让我飞2次通场----使用这种方法，在一次飞行中，我可以朝沙漠里的4条道路上完成布雷。我遭遇到了敌人猛烈的火力抵抗，天空被大量的曳光弹点亮，但是敌人射击的是照明弹，而我在它们上方飞行，他们看不见我。我得小心翼翼地飞行，避免撞上附近的山丘，同时寻找需要布雷的道路，另外还要防止被地面火力击中。"
1987年1月21日，康斯坦丁.帕夫柳科夫(Konstantin Pavlykov)上尉驾驶苏-25起飞时被一枚地空导弹击中后，在恰里卡尔地区弹射跳伞，落地后与武装分子交火，因弹药耗尽而拉手雷自尽，他之后被追授苏联英雄勋章。
第三次轮战的惨重损失
378OshAP团1AE和2AE中队的第3次人员轮战在1986年10月至1987年10月间展开，空勤和地勤们来自苏联空军现役的3支苏-25部队----80OShAP、90OShAP和368OShAP团。
第3次到阿富汗轮战时正好又遇上了新的更加致命的威胁，圣战者开始使用FIM-92A毒刺肩扛式地空导弹了(首次于1986年9月在战区内使用)。除了了显著的抗红外干扰能力、精确的红外制导能力以外，这种导弹还安装有一个更强大的战斗部和近炸引信，来增加击落目标的机会，毒刺导弹的最大射高达到了14800英尺。在1986年11月至1987年2月间，不少于4架苏-25被这种致命的武器击落，它的大量使用成为了圣战者战地指挥官有效反击苏军低空飞行的直升机及喷气攻击机的决定性因素。毒刺导弹的出现迫使苏联飞机在更高的高度上投弹，显著降低了近距离空中支援的有效性。
由于毒刺导弹的出现，378OShAP团的第三次轮战是整个战争期间人员损失最多的一次，不少于11架苏-25被击落，5名飞行员阵亡。此外还有一架"蛙足"被重创至无法修复的程度，于是被运回苏联进行战伤细节分析。因此，面对着一群无所不在、装备精良且积极进取的敌人而展开的反叛乱作战中，378OShAP团的40架飞机在不到一年时间里就损失了30%。损失最惨重的是2AE中队，有5架飞机报销、3名飞行员阵亡，而1AE中队损失了2名飞行员和4架飞机，3AE中队损失了2架飞机，团部也损失了一架飞机。此外，1AE中队有一架飞机被地空导弹击中后由于损伤过重而直接报废，但是飞行员成功地驾机紧急迫降。
巴格拉姆基地内纪念1986年10月至1987年11月间阵亡的5名378OShAP团飞行员的纪念碑，这座纪念碑于1987年末完成，5名飞行员从左至右分别是伊戈尔.阿辽辛(Igor Alyoshin)上尉、米罗斯拉夫.布拉克(Miroslav Burak)大尉、康斯坦丁.帕夫柳科夫上尉、弗拉基米尔.帕图索夫(Vladimir Paltusov)上尉、维克托.泽姆雅可夫(Victor Zemlyakov)上尉。这个纪念碑虽然显得有些旧，但现在仍然留在巴格拉姆基地。
根据之前参与过378OShAP团第3次轮战的飞行说，其中一架苏-25[由米罗斯拉夫.布拉克(Miroslav Burak)大尉驾驶]在1987年2月25日夜攻击圣战者的阵地时被一发苏军炮兵的122mm照明弹直接命中。这架飞机在错误的时间出现在错误的地点上，飞行员布拉克阵亡。
虽然毒刺导弹的数量显著增长，但只有一名苏-25飞行员损失于敌军的火力之下。1986年11月20日损失的伊戈尔.阿辽辛(Igor Alyoshin)上尉和1987年9月13日损失的维克多.泽姆雅可夫(Victor Zemlyakov)上尉都是因为操纵失误而坠机身亡的，而在1987年7月20日，弗拉基米尔.帕图索夫(Vladimir Paltusov)上尉驾驶的苏-25因为在高空飞行时氧气系统失效而坠机身亡。