首例损失
几个月来，该中队拥有20架飞机。到目前为止，C-47没有发生任何重大事故，但1961年6月29日，ONU 203号机迫降于开赛省齐卡帕(Tshikapa)附近的空地上。起飞后，右侧发动机立即出现故障，飞行员无法控制偏航或获得高度。幸运的是，没有人受伤。然而，初步报告没有提及的是，这架飞机是由一名经验相对不足的副驾驶开上天的，而正式负责驾驶的印度飞行员则在170千米(105英里)开外的路路阿堡。这名印度飞行员搭乘一架水獭匆忙飞往坠机地点，假装自己一直在飞机上，事件被平息了下来。后来的刚果联合国组织事故摘要指出，这起坠机似乎没有进行适当的事故调查；"原因仍然不明"。
幸运的是，C-47很坚固！虽然前美国空军的C-47A ONU 203(c/n 20010)于1961年6月从齐卡帕起飞后，由于发动机故障，在一次迫降过程中严重受损，如照片所示，但机上无人受伤。后来刚果联合国组织对此的总结为这起奇怪的事故蒙上了一层谨慎的面纱。
同年9月22日，一支巴西机组驾驶ONU 216号机从路路阿尔堡起飞前往卡米纳。空中交通管制员随后给出了一份书面报告，描述了机组在晴朗天气下试图降落到2700米(8850英尺)长的跑道上时所目睹的情况：
"飞机至少滑翔了半个跑道的长度后才触地；它的主轮上下不均匀地弹跳，最终落下，但尾巴仍在空中；似乎无法‘粘住’。飞机似乎仍在快速向前滑行，只剩下不到跑道长度的三分之一。我观察到，飞机不太可能停下来，也不可能停下来。由于速度原因，飞机在跑道末端左转90°。救援队立即被叫来，并被引导到缓冲区域。
"当飞机撞上着陆灯时，它剧烈地反弹，尾巴离开了地面。然后，[左侧]起落架在巨大的压力下折断，飞机向左转弯，与进场方向成180°角。救援队几乎立即赶到，飞机已停在离跑道末端约300英尺(90米)的位置。"
1961年9月，在加丹加对伊丽莎白维尔的空袭中，ONU 209的机体遭到弹片损坏，随后被当作刚果联合国组织的机组宿舍。一名军官将剥光的驾驶舱当作自己的私人房间。
机组们表示，飞机"无法解释"以100节的速度在跑道上方滑翔了1000米(3300英尺)，当他们试图"绕飞"时，发动机没有响应。但机组的个人陈述表明，当时究竟是谁在驾驶这架飞机还存在混淆。机上无人受伤，飞机零件被拆光，并被丢弃在其中一座机库附近。
战斗伤亡
1961年9月，当刚果联合国组织和加丹加之间的局势恶化为公开交火时，几架C-47遭到破坏，他们将糖和沙子倒入油箱，油箱在几天内被排空并清洗干净。至少四架C-47于交火中被击中，经过临时维修后撤离该地区。
9月15日，加丹加的富加CM.170教练机对伊丽莎白维尔机场发动空袭，C-47 ONU 209号机遭弹片击中，轮胎被刺穿。两天后，两枚小型炸弹于20米(70英尺)外爆炸，机身扭曲无法修复。最后被注销，拖到一边，降级为机组的宿舍。其它受损的C-47修复得相对较快，但其中两架----ONU 205号机有50个弹孔，ONU 219号机有87个弹孔----直到11月才恢复使用。
1962年9月20日，前美国空军的C-47D ONU 202(c/n 32532)在卡米纳执行侦察任务时被地面火力击落。机组们设法让飞机降落，但两名乘客死亡，飞机烧毁。
在12月爆发的新一轮战斗中，ONU 211号机和一名阿根廷机组人员在坦噶尼喀省马诺诺降落时遭到地面火力袭击。飞机的左发动机和两个机翼油箱中被击中，不得不停止使用进行维修。1961年秋季的战局也给C-47中队造成了损失，从9月下旬到10月下旬，丹麦皇家空军的C-47 K-687被租借给该中队，但这只是暂时的缓解。在9月的战斗中，由于加丹加的空中优势，刚果联合国组织从1961年10月起获得了自己的战斗机，同时，联合国航空特遣队被重新指定为联合国航空师。现有中队并没有受到其它方面的影响。
截至10月31日，该中队仍有17架C-47，其中只有10架可用。不少于8架飞机被派遣至4个地点，导致该中队几乎停止了预定的飞行。从11月5日起，两架C-47也被用来搜索加丹加的空中活动，由于刚果联合国组织缺乏合适的侦察机，这种工作在未来几个月变得越来越普遍。一个照相机吊舱被要求安装在一架C-47下，但该设备一直没有收到。因此，在执行航拍任务时，必须使用普通照相机从货舱门拍摄照片，结果自然不言而喻。
至年底，该中队仅剩8架C-47可用，机组们在1961年飞行了9181个小时。机队变得疲惫不堪，几架飞机因腐蚀需要大修。因此，刚果联合国组织决定将该中队减少到10架现役飞机，并配备3架备用机。四架状况最差的前Avianca机体即将退役。这次变更于1962年3月至4月实施。在剩下的10架C-47中，有四架被派往阿尔伯特维尔、路路阿堡、斯坦利维尔和布卡武。
按照传统的方式操作----如果C-47的一台发动机启动器发生故障，机组们会通过在螺旋桨毂周围缠绕一根绳子并用吉普车拉动来启动发动机，如照片所示，ONU 208号机(c/n 26122)停靠在典型的偏远地带。
