保卫欧洲-柏林冲突
由于2百万东德人涌向西德来寻求更好的生活，在美国、英国和法国拒绝接受这些人入境的情况下，四国签署的条约让这些人留在了西柏林，苏联总理尼基塔.赫鲁晓夫威胁将使用武力来阻止任何可能的德国统一。在1961年8月13日，他封闭了西柏林和东边林之间的多个路口，并建起了一道墙来分割这座城市。美国的军事战略是动用核武器来对此做出回应，但很明显在这次情况下要求使用的是常规武器。
缺少前线的常规空中力量意味着国民警卫队将在这种情况下将被部署到德国，约翰.肯尼迪总统想要一个“比羞辱更加明智的选择，或者所有的部队都不使用核武器。”11支空中国民警卫队的中队被派到德国、法国和西班牙来支援欧洲司令部旗下拥有核轰炸能力的中队，而且之前就已经有能够使用核弹的479TFW联队在这里驻扎。其它的11支中队作为阶梯(Stair Step)行动的一部分被当成快速反应警戒部队，在这其中有3支F-104A中队，于10月1日调动。
在冷战期间，环球霸王II运输机同样也负责将F-104A部署到欧洲。照片中的C-124C-DL 53-0027正在把157FIS中队的F-104A 56-0802“吞下”，于1961年11月10日运往西班牙默隆，此机于1962年6月2日因为发动机失效后在科尔多巴附近坠毁。
再一次，军事航空运输团的C-124运输机又被调来，在铜环(Brass Ring)行动中把60架F-104A空运到西德，因为看起来赫鲁晓夫将把西柏林隔离。197FIS中队的8架F-104A和2架F-104B被调至西德的拉姆施泰因基地，而田纳西州空中国民警卫队151FIS中队的20架星战斗机将在之后加入进来。这两支中队都被指派给第17航空队86ADD防空师，而田纳西州的机组们将于12月19日就位警戒。亚利桑那州的机组们将沿着苏联集团的边界巡逻，直至1962年8月。绝大多数飞行员都得去造访利比亚的惠勒斯(Wheelus)基地，在那里具备了AIM-9B的实弹发射资格后才前往西德去待命警戒。吉恩.韦斯特(Gene West)上尉在F-104上飞了17年，积累了3000多个飞行小时的经验，他当时服役于亚利桑那州空中国民警卫队：
“从1954年到1960年，我都在亚利桑那州的空中国民警卫队服役，然后用F-104A取代佩刀的新闻传到了我们这里，你可以想象整个中队里那种欢腾的景象。空中国民警卫队总是接收2手的飞机，但是2马赫的‘拉链’----喔！在它们抵达数个月后，我们的中队进入了现役并被派往拉姆施泰因。很多飞行员在这种飞机上飞行的时间都很少，而且德国的环境也让我们不是很适应。回到亚利桑那的凤凰城后，美国空军和空中国民警卫队对‘拉链’受够了，并用波音C-97‘垃圾车’取代了它们。我立刻回到了美国空军的现役里，并作为一名F-104G试飞员驻扎在卢克基地。”
南卡罗来纳州空中国民警卫队的157FIS中队被部署到西班牙的默隆(Morón)基地，在1961年11月24日划归给65ADD防空师，胡德少将(当时还是上尉)回忆道：
“我跟随一支先遣队登上一架C-124，上面搭载有一架F-104A和一些额外的发动机，但我们没有被告知是去德国还是西班牙。当我们抵达西班牙的时候，美国空军派遣民间的雇员帮我们把飞机组装起来，但最后飞机是否能飞行还得要我们的这些军士长说了算。”
因为预算而导致的零配件和弹药短缺加上微小的远期规划，意味着空中国民警卫队这些中队进入战备状态的时间被拖延了，而且总体上还少了一些人员，因为其中的八分之一被选择留在美国工作。然而，星战斗机的出现是威力巨大的空优威慑，就像在台湾一样。它们表现出了相当快的反应时间和恒定的加速，使其比任何一种参与拦截的战斗机都要强。这也是让防空司令部在第二年重新召回一些F-104A进入现役的主要原因。
空中国民警卫队正在维护F-104A-20-LO 56-0793，飞机的蒙皮被擦得崭亮。此机在柏林危机期间被指派给西德拉姆施泰因空军基地第7航空队的86AD师，此机参与了空中国民警卫队有史以来规模最大的部署。期间，在西欧的空中国民警卫队准备随时前去拦截试图阻止柏林空运的苏联战机。
飞行员们适应了欧洲空域的拥挤和环境天气(与亚利桑那的干燥完全不一样)，但还是发生了事故。1962年6月18日，F-104A 56-0809在拉姆施泰因起飞的过程中放弃升空后坠毁，2架飞机(56-0813和56-0848)于3月17日在进场的过程中坠毁。对小主翼的F-104影响最深的就是在夜间或者恶劣天气中编队飞行时僚机没法立刻看见长机是否做了一个转向。在距离很近的地方，这偶尔会让后面的飞机没有时间做出反应而导致撞机，解决的方法就是安装额外的编队灯。田纳西州空中国民警卫队在威斯巴登(Weisbaden)附近损失了一架飞机(56-0881号机)，当时飞机上仰至极限，并进入一个无法改出的水平螺旋，让飞行员皮尔斯上尉不得不跳伞。
在默隆，F-104A的班迪克斯油料控制系统引发了持续的问题，而且导致了在欧洲和美国的一些坠机事故，就像斯坦.胡德解释道的：
“通用电气研发的J79发动机只有一个油料控制系统，即便是F-86佩刀也有2个，我们在美国损失了2架，在西班牙又损失了4架。损失的第一架(在美国)由迈克尔.米勒(Michael Miller)驾驶，他后来成为了雷鸟表演队的一名飞行员。他的发动机在26000英尺高度处失效，而且他一直坚持到1000英尺高度才跳伞，甚至不知道飞机的弹射座椅是向上还是向下的！我们的飞机在那个时候接受了改装，而他的那架飞机是最后一架改为向上弹射的。”
亚利桑那州“铜斑蛇”中队在拉姆施泰因基地得到了田纳西州空中国民警卫队151FIS中队的增援，这两支中队只能依靠飞机上的导弹，因为他们的飞机没有安装航炮。其它前往欧洲的空中国民警卫队部队使用的都是过时的F-86H和F/RF-84F。
第二架在德国坠毁的飞机让南卡罗来纳州空中国民警卫队的第一任指挥官巴尼.麦肯泰尔(Barnie B McEntire)准将身亡，他的座机(56-0853号机)在起飞时失效，他驾驶着飞机离开哈里斯堡(Harrisburg)地区朝萨斯奎汉纳(Susquehanna)河飞去。就像他的继任者胡德少将回忆道的：“他当时在2500英尺高度，本可以跳伞，但他决定把J79发动机留下来，以便查出问题的原因。他们在那天刚开完一个关于此方面的会议。”快速选择降落在水面上后，麦肯泰尔没有时间把襟翼放下来，“当你的F-104发动机挂掉后，它就会放松大约15至20秒，如果你没有在那个时间把起飞襟翼的按钮按下，那你的襟翼就没用了。他的飞机当时满载油料，没有放下襟翼而且还处在大攻角上，”康加里基地因此而被命名为麦肯泰尔基地。
在西班牙，一架飞机(56-0864号机)用光了油料，在前往备降机场的涂中坠毁于浓雾密布的跑道上，但其它3架的损失原因都是发动机。其中2架是F-104A(56-0861和56-0862号机)，而F-104B 57-1311在前往马德里的一次飞行安全会议的起飞过程中因为前起落架严重振摆，结果把橡胶碎片吸到了发动机里。“振摆多次导致了刹车环线在飞行员收起起落架之前被弹出，”胡德少将回忆道“他在下风条件下做了一个近距离进场，导致他无法把主翼上的300加仑副油箱扔掉。”飞行员首先在300英尺高度弹射，但是他的“零”弹射挂绳没有被正确地装好，而他的降落伞没有及时打开，后座教官受到了重伤，使得他的飞行生涯就此终结。