就在他离开加油机的时候，史密斯收到了来自“巴拿马(无线电呼号)”地面管制台一系列不正确和令人迷惑的方位指示命令，指出“巴拿马”的雷达和史密斯F-104C上的“鹦鹉”敌我识别器都没有正常工作。计算出他大约在以540节的速度接近海南岛，他转向南边，并发现了另一架飞机在他的后上方。史密斯把这个情况通报了“巴拿马”管制台并转去面对这架身份未知的飞机。经过了短暂的580节追逐后，他不得不放弃，因为他再次靠近了海南岛，但是浓密的云层使得他看不到大海或地面。
“巴拿马”管制台再度重复，希望能在雷达上发现他，但是史密斯接下来发现他的航向指示器和备用罗盘都失灵了，要求加油机来修正他的位置也没有结果。扔下翼下的副油箱并更加关注他的油料状态，此时的油料已经降低到3000磅。史密斯呼叫出现了紧急情况，并且希望岘港“警戒台”上的F-102A能够被派出来，借助它们的远程雷达来及时地找到他。史密斯在绝望中使用铅笔作为一个基本的日晷，但是中午的阳光从头顶上照下来，使其无法发挥作用。他从云中的一个缺口上看到了海岸线，并下降到9000英尺去调查，但一些看起来都是那么陌生、突然，他的右主翼被炮弹击中，把AIM-9B导弹和发射导轨都打飞了，他的右臂也被37mm炮弹的弹片击中。
2019年9月20日，CCTV7《老兵你好》节目播出了《海空雄鹰搏长空——英雄飞行员高翔》。节目中高翔亲自出场介绍这场战斗。节目地址
史密斯上尉遭到了2架中国歼-6(仿米格-19S)的拦截，带队的是团长高翔(Gao Xiang)上尉(海航4师10团“海空雄鹰团”)，僚机是副团长黄凤生(Huang Feng Sheng)。他们从史密斯上方的云层里冲下来，在近距离上用航炮把他的F-104C打成重伤。座舱里和很多警告灯都亮起来了，但史密斯还是看到了一丝稍纵即逝的希望，因为那架米格机长机开着加力从他前方掠过。他将注意力集中在获得足够的速度上，以便绕到那架米格机后面，但是他的发动机停车了。在他重启发动机的同时，他也听到了剩下那枚AIM-9B在耳机里发出的“滋滋”声。史密斯开始绕到那架米格机后面准备发射导弹，但是就在这一刻，他的操纵杆突然不听使唤了，他的两个液压系统全部被打掉。
看着飞机笔直地冲向岸边几英里开外的海里，史密斯在靠近一条中国渔船的地方跳伞了，他立刻就被俘虏，并在北京的监狱里关了7年半，大多都是在禁闭中，这是美国空军于越战期间唯一在空战中被击落的F-104飞行员，并已知被关押在中国。史密斯于1973年3月出狱，之后重新回到美国空军的现役中，最后成为了伯格斯托姆基地的指挥官。他在1989年会见高翔时，史密斯同样也得知F-104C上飞出的一块碎片打掉了高翔座机上的一台发动机。
1965年12月，2架F-104C正在离开岘港的跑道。长机在座舱后下方涂有一个F-4鬼怪II的“幽灵”卡通图案。僚机是F-104C-5-LO 56-0928，此机于1966年8月1日被一枚地空导弹击落，当时服役于425TFS中队，正在保护一架F-105F前往太原执行铁掌任务，飞行员约翰.阔尔特尼克(John Kwortnik)上尉阵亡。
史密斯被击落凸显出了F-104C缺少高级导航系统的缺陷，比如惯性导航系统(INS)、多普勒或者超高频/自动测向(Ultra-High Frequency/Automatic Direction Finding：UHF/ADF)设备，但是479TFW联队的训练给这一方面做出了弥补。史密斯在无线电联络和导航问题方面的不幸是整个联队于越战部署期间唯一一次出现这个方面的问题。
这次战损间接地导致了436TFS中队另外2架飞机的损失，哈维.夸肯布什上尉和戴尔.卡尔森(Dayle W Carlson)上尉驾机起飞去寻找史密斯，在一架陆战队KC-130F加油机的支援下保护着2架格鲁曼SA-16水上救援机。随着黑夜的临近，他们在低空于海南的岸边搜索，但最终还是返航了。
在暮色下，他们注意到自己飞机上3盏航行灯中了2盏都没法使用，而且卡尔森的座舱灯光没法点亮。直到这时候，该中队还一直都在执行昼间任务，而这些灯光系统在例行维护中没有被要求到或者优先级很低。无法在降落中看见自己的仪表，卡尔森不得不跟着夸肯布什以编队降落。在他们开始左转进场的时候，卡尔森在浓密的云层里失去了与长机的目视接触，并要求另一架F-104C打开加力来显示位置。几秒钟后，两架F-104C在空中相撞(56-0911和57-0921号机)，在飞机分开后两人都弹射跳伞了，最后相靠着降落在岘港的外海上。
1965年10月14日，435TFS中队在岘港替换了436TFS中队，前者的主要任务是为EC-121和EC-130护航。436TFS中队在11月22日回到谷关机场，而且在12月底从这里回到乔治基地。10月29日，当366TFW联队390TFS中队的F-4C鬼怪II抵达岘港后，他们接过了这些护航任务。(“岘港航炮战士”的屠宰从此开始)
1965年，436TFS中队的F-104C-5-LO在岘港。背景上的56-0886号机在一开始的作战部署期间刷上了“fannie”的名字，其它的涂装仅限于飞机副油箱上的中队颜色。哈罗德.阿尔斯顿回忆道，在一支F-104编队里作为“备用机飞行员”并不是“一件很受欢迎的事，我们放弃任务的概率很低，因此，作为备用机飞行员，我们所要做的就是和编队的其他飞行员一起做简报，穿戴好抗荷裤、救生装具、自卫武器、头盔、和塞满检查名单、地图、对号卡等物件的包裹。我们坐在座舱里，并打开辅助电源，在无线电里听着所有的飞机启动发动机、滑出、起飞爬升，接下来被换下，或者根据编队长机的命令起飞。岘港又闷又热，因此如果你没有升空，那你回来的时候背上就全被汗湿透了。”
乌隆——第二阶段
1966年初北越上空米格机活动数量的增加开启了435TFS中队的新一轮战时部署，以增援美国空军、保护脆弱的EB-66C电子干扰机、稀缺的F-105F野鼬鼠机和处境艰难的F-105轰炸机群。在乔治基地，479TFW联队已经开始准备去换装F-4D鬼怪II了，476TFS和434TFS中队从岘港归来后几个月就弃用了他们的星战斗机(各自在1965年7月和11月)。
435TFS中队的前8架F-104C在1966年6月6日抵达泰国乌隆基地，并最终被派遣给8TFW“狼群”联队，该联队自1964年7月起同样也驻扎在乔治基地，但是在1965年夏被派到了泰国乌隆。乌隆是泰国最北边的一个主要基地，距离老挝和北越都很近，而且减少了F-104C对于空中加油的需求。在最初的护航上取得了成功之后，7月22日又有12架435TFS中队的F-104C加入了这8架已经在泰国的飞机。所有的飞机都安全抵达，只有F-104C 56-0898号机的废气温度指示器在漫长的水域上空飞行时会周期性地指向零。
8TFW联队研发的战术将把F-104C的速度和F-4C雷达的远距离搜索范围最好地结合起来，在交战准则的限制范围内要求飞行员目视识别潜在的敌对目标身份，而不是允许他们使用远距离雷达制导AIM-7导弹在视距范围外把敌机打掉。如果“敌机”被F-4C的雷达发现了，通常都是在40英里开外，星战斗机的战斗空中巡逻编队将向前加速去识别目标身份，然后转向离开。接下来，F-4C飞行员将尝试在远距离上发射麻雀中距弹，而F-104C将调头回来从目标后方用响尾蛇导弹或者航炮攻击。在实战中，没有米格把自己置于这种被攻击的位置上。
435TFS中队的F-104C在第二次战时部署中采用了TO-1-1-4东南亚三色迷彩，这种迷彩从1966年6月开始在乌隆基地采用。参与的任务有大眼和银色黎明护航飞行，这样的飞行需要在飞机的座舱里塞很多的食物、饮料、尿袋，如果在补充机的派遣方面出现了问题，那么任务的飞行时间最长会延续到12个小时。这些任务对于在北越上空飞行的其它飞机而言是至关重要的，如果没有护航机，这样的任务通常都会被取消。
