机组们用降落伞逃生，而飞行员直接降落在第40集团军司令部的院子里。1986年10月17日，在坎大哈附近，280OVP团的副中队长霍尔科夫(Khorkov/Хoрьков)的直升机被击落。导弹穿过了整个机身，在机鼻处爆炸。领航员A.谢尔巴科夫(Shcherbakov/Щербаков)上尉被燃烧的煤油烧死了。飞行员被烧伤，大多数机组也受到不同程度的伤害。他们谁也不记得自己是怎么离开那架奄奄一息的直升机的，也许是爆炸的冲击波打破了玻璃窗和逃生舱口。
为了对抗肩扛式地空导弹并提高战斗生存能力，米-6进行了复杂的“阿富汗”改装。油箱内装填了聚氨酯泡沫海绵，以防爆炸。但为了安装红外干扰弹发射器，直升机飞到苏联境内的浩罕，在那里进行为期2至3天的改装。有些情况下，及时打出红外干扰弹可以让直升机免于被导弹击中----V.科普茨(Kopts/Копц)中校、韦德尼科夫(Vedernikov /Ведерников)少校、A.佩特连科(Petrenko/Петренко)少校的机组们清楚地记得在他们的直升机上探测到发射后的感觉，当时他们只需等待，时间的倒数使得每一秒都显得相当漫长。米-6还尝试过给发动机排气管安装红外抑制器，以降低被红外制导导弹击中的概率，但这些装置并没有在重型直升机上广泛应用。
1984年一架米-6正在坎大哈机场上吊运米-8的残骸。
昆都士机场上181OVP团的停机坪，右上角是被导弹击毁的直升机残骸。
为了减少损失，机组们还改进了战术，在执行任务时，他们必须了解敌方防空火力出现概率较大的区域，以便制定最安全的绕行航线。自1985年以来，重型直升机一直由米-8或米-24护航。早在1982年，米-6就停止了超低空飞行，并开始在机场的保护区内爬升到安全高度。渐渐地，4000至5000米高度成为巡航的常态。只要驾驶员的能力足够，米-6的升限就可以超过6000米。然而，在没有氧气设备的无压驾驶舱中进行这种飞行是不安全的，而且，这与现有的命令相矛盾，该命令规定了4500米的最高飞行高度。为了消除这一限制，1986年秋天，在卡甘机场，米里设计局的专家参加了一次特别试验。这项工作的结果是增加了对机组人员的要求，规定了最大飞行高度为6000米，起飞重量不超过38吨(正常情况为40.5吨)。但由于某种原因，并不是所有中队都按照该命令行事，战争结束后，他们开始完全忘记它，回归传统，因为在这种高度飞行的要求已经完全消失。
1982年，280OVP团的一支米-6机组在喀布尔机场上。
喀布尔机场停机坪上的米-6，远处一架图-154客机正在起飞。
自从1986年肩扛式地空导弹的威胁变得特别强烈以来，米-6的绝大多数飞行开始在夜间进行。通常，以双机编队展开，于保护区内爬升至2500米高度后才离开机场，随后爬升至4200至4500米。在这个高度上，米-6能够以180至200千米/小时的速度自由飞行，比米-8MT快了50至70千米/小时。在战斗队形中，两机之间的距离是300米，后面5分钟路程处还跟了2架米-8。侧灯只有在起飞和着陆时才打开。空中的无线电通讯保持在最低限度。着陆时，飞行员将操纵杆从他身边移开，将直升机加速到270至280千米/小时，然后拉下“踩油门”手柄，直到飞轮离合器分离，一直向右踩脚蹬，并以最大60°的坡度(陆军航空兵记录的最大角度为64°)转向。直升机以笔直的螺旋航迹下降，垂直速度高达30米/秒。离地500米时，机组开始减速，并在150至200米的高度切换到正常模式。即使是在白天表演这样的“把戏”，也需要最高的技巧，更不用说夜间飞行了，因为夜航是用仪表进行的！
发动机排气口的红外抑制器在米-6上并不常见。
发动机盖板的设计使得机械师可以轻松地维护发动机。
这种情况下，机组们不得不为自己的错误付出高昂的代价。1986年，当一架米-6于夜间在沙赫乔伊(Shahjoy/Шахджой)机场着陆时，它以很高的垂直速度下降，几乎直接砸在地面上。只有飞行员和领航员设法活了下来。事实证明，造成这场灾难的原因是高度表的错误设置。1988年3月19日，在法扎巴德的一次夜间降落中，181OVP团扎哈尔琴科(Zakharchenko/Захарченко)大尉早早降落，以120千米/小时的速度砸在跑道上，撞断了前起落架。这一次，机组无人死亡，但直升机无法修复。尽管如此，所采取的措施使大幅减少了损失数量----在法扎巴德坠毁的米-6成为1987至88年间损失的唯一一架该型机。
1985年的喀布尔机场上，乌克兰籍机组彼得连科(Petrenko/Петренко)少校和里巴尔琴科(Rybalchenko/Рыбальченко)上尉正在检查从潘杰希尔峡谷缴获的DShK和ZGU重机枪。
