不过山本司令长官却更想进行他所预想的利用攻击对美国而言很重要的中途岛，借此引诱美国航空母舰出击后进一步进行歼灭的作战计划， 即中途岛作战。因为山本五十六并不相信美国太平洋舰队已经被消灭，而随着时间的推移，不但这支现在遭受重创的舰队会很快恢复，而且其实力还将会得到扩大，所以应该尽快彻底打垮太平洋舰队而不是仅仅对其造成重创。他认为美国所拥有的资源、生产能力等方面都是无以伦比的，时间对日本很不利，唯有在其未恢复之前将美国逼上谈判桌，日本才会有一些的胜算的可能，为此山本五十六主张在中太平洋采取更大胆的攻势，争取将珍珠港事件后残存的美国舰队歼灭，才可能达到其目的。
1942 年 1 月，山本五十六指示其参谋长宇垣缠制订主动出击的东进计划，这个计划的目标是夺取中途岛，并以此为契机引诱美国海军出击， 帝国海军以此将其歼灭。该计划遭到较强硬的反对，因为此时军令部的“有限南进”行动进行得很顺利，第一步目标已经完成，新几内亚东岸的莱城和萨拉莫阿已经被日军占领，现正在进行对莫尔兹比港和图拉吉岛发动进攻作战的准备。
美国海军驱逐舰“埃德索尔”（DD-219 USS Edsall）号驱逐舰，从该舰于 1942 年 1 月 20 日击沉的日本潜艇上发现的密码本对美军的珊瑚海和中途岛作战具有非常重大的意义。不过，“埃德索尔”号未能在未来的海战中继续发挥作用。因为该舰在 1942 年 3 月 1 日在爪哇海战中被日军击沉了，这是从日本一艘巡洋舰上拍摄到的该舰最后的身影，当时日本人将其误认为是皇家海军的驱逐舰。
山本五十六再一次借辞职来要挟军令部通过他的中太平洋作战方案，此时的山本五十六因为前阶段的作战胜利带来的威望，说话的分量和底气已经比一年前时足多了。由于他的坚持，最终迫使军令部在 1942 年 4 月 5 日勉强通过山本的计划。
随后在 4 月 18 日发生了空袭东京事件， 显然空袭的飞机来自于美国海军的航空母舰， 美国海军太平洋舰队的威胁已经非常明白地摆在眼前，这样一来所有反对的声音都消失了，山本五十六得以专心进行攻击中途岛的准备。
尽管通过了山本五十六的中途岛作战计划， 但是日本帝国海军还是决定先进行 MO 作战，为了进行这场作战，将使用第五航空战队的两艘航空母舰进行支援。使用该战队进行此次作战是在4 月初时就已经决定的。在 4 月 5 日山本下达的调整部署的密电中，就指示第 4 舰队于 4 月下旬至 5 月上旬期间实施 MO 作战，在该计划制定时是准备以第 25 航空战队和“加贺”号作为南洋舰队的空中支援力量的，但是第 25 航空战队在 5 月份之前不能完成部队整备，而单依靠“加贺” 号又力量不足，于是第 4 舰队要求派遣第 2 航空战队，不过山本五十六考虑到中途岛作战的需要，决定派遣被认为由于新组建不久，训练水平尚有差距的第 5 航空战队，该战队在执行完 MO 作战后将很快就能回归参加中途岛作战，而即使该战队届时无法参加作战，对战斗力的影响也不会很大。不过日本人偏偏没想到的是，这个决定已经为其后的中途岛海战的失败埋下了隐患。指挥 MO 作战的是日本南洋部队指挥官是井上成美中将， 他于 4 月 23 日下达了对莫尔兹比港和图拉吉进行攻略作战的命令。执行此次作战的机动部队由高木武雄海军少将指挥，这支舰队以“翔鹤”和“瑞鹤”为核心，负责歼灭盟军水面舰艇并支援登陆， 攻略部队由五藤存知少将指挥，负责对莫尔兹比港的登陆。其舰队组成为机动部队由“翔鹤”、“瑞鹤”两艘航空母舰、“妙高”、“羽黑”两艘重巡洋舰以及 6 艘驱逐舰编成，攻略部队分为主队和莫尔兹比攻略部队两部分，主队内包括“祥凤” 号轻航空母舰、“青叶”、“衣笠”、“古鹰”、“加古”等 4 艘重巡洋舰以及 1 艘驱逐舰，莫尔兹比港攻略部队的作战舰艇包括“夕张”号轻巡洋舰以及 4 艘驱逐舰。同时，还有一支由“天龙”、“龙田”两艘轻巡洋舰以及 2 艘水上飞机母舰和 3 艘炮舰组成的掩护部队和由一艘敷设舰及 2 艘驱逐舰掩护的图拉吉攻略部队。尽管第 25 航空战队并未完成装备的整备，但是还是将为此次作战提供空中支援。
珊瑚海海战时的日本海军指挥官井上成美（Shugeyoshi Inoue 1889.12.9-1975.12.15）海军上将，他后来成为日本帝国海军最后一位晋升为大将的军官。在当时的环境下他是日本军队中比较少见的反对日本战争政策的人，在淞沪会战时甚至拒绝向上海进行炮击。珊瑚海海战后在他的坚持下海军兵学校成为当时日本极少数教授英语的学校（当时日本民族主义情绪很强烈，基本上学校都不教授英语了）战后他成为一位英语教师，而且他认为这是他在为以前的所为而赎罪。由于他在二战期间的反战态度，战后他被免于起诉。
此时美国已经可以破译日本海军的密码，1942 年 1 月 20 日， 美国海军驱逐舰“埃德索尔”号在澳大利亚达尔文港外海域击沉了イ -124 号潜艇，并从这艘潜艇上打捞出了日本海军所使用的战略密码本、战术密码本以及商船密码本，经过太平洋舰队的一个由 24 人组成的破译小组的工作，已经将日本帝国海军所使用的 D- 普通密码本破译，这个密码被美国海军称为 JN-25，因此已经了解到日本人的动向，但此时盟国能调动的兵力有限，手头只有“约克城”号和“列克星敦”号两艘航空母舰可以动用。太平洋舰队司令切斯特 .W. 尼米兹海军上将甚至在“进取”号刚离港参加对日本本土进行空袭行动的第二天就后悔让其去执行这个象征意义大于实际意义的行动了，但是已经无法将该舰召回，面对即将来临的日军对澳大利亚和莫尔兹比港行动，只能依靠现有的有限兵力迎战了。
TF.11 在 3 月 26 日返回珍珠港进行修整，并且由奥布里 . 雷 . 菲奇海军少将接替布朗少将担任该舰队的指挥官。随后该舰队于 4 月 15 日起航前往西南方向，伴随其行动的为“明尼阿波利斯”号和“新奥尔良”号两艘重巡洋舰以及第 1 驱逐舰中队的驱逐舰。而此前一直在南太平洋行动的 TF.17 于 4 月 20 日在尼米兹的建议下进入汤加塔布进行整备，一周后于 4 月 27 日起航，该舰队下辖“阿斯托利亚”号、“波特兰”号和“切斯特”号三艘重巡洋舰以及第2 驱逐舰中队。此外，皇家澳大利亚海军在 4 月 30 日组成以“澳大利亚”号重巡洋舰和“霍巴特”号轻巡洋舰为核心的 TF.44 特混舰队，该舰队由两艘美国驱逐舰掩护将执行支援任务。
这样盟军参战的舰只为 2 艘航母、8 艘巡洋舰、13 艘驱逐舰、1 艘水上飞机供应舰、2 艘油船，整体兵力同日本相当。
弗兰克 . 杰克 . 弗莱彻 （Frank Jack Fletcher 1885.4.29-1973.4.25) 海军上将（珊瑚海海战时为海军少将），尼米兹认为弗莱彻的进取心不足，因此对由其担任指挥官并不大感到放心，不过从战斗的结果来讲，弗莱彻应该可以说是较好地完成了任务。
同样在 5月1 日，已经会合的 TF.11 和 TF.17 舰队进入珊瑚海海域，在珊瑚海东南方向西北方向前进。而“进取”号在完成掩护“大黄蜂”号空袭东京任务之后也正自珍珠港向这边驶来。在这之前，美国海军航空兵尽管已经取得了一些战果，但是对整个战局并没有多少影响，而空袭东京虽然飞机是从航母上起飞的，但执行攻击的却是陆军飞行员，海军飞行员只担任护卫舰队的配角的角色。而此次作战的主要力量将是美国海军飞行员，这将是他们第一次作为主要的角色参与到大战之中，也是美国海军航空兵第一次同强敌之间的正面碰撞。