缺少第二台双向无线电是战斗中的另一个缺陷，因为攻击、管制和护航编队通常都在不同的无线电频道上，如果只听一个频道，那么关键的信息肯定会被遗漏。米格机和地空导弹出现的警报通常会在支援飞机之间过度地传播，结果导致F-4被击落。为了获得有效的信息或离开满是噪杂声的无线电频道，更换频道是很有必要的。应急的guard频道是搜救任务的备选，但这个频道里经常充斥着跳伞机组求生信标发出的尖叫声。比尔.麦圭根和鲍勃.弗劳尔在获得一个米格战绩后的作战报告里描述了他们的经验，而且这不仅限于F-4中队，"整个飞行期间，无线电里都是杂乱无章的对话，导致飞行协调相当困难。"
F-4J在VF-33中队早期服役阶段另一个未预见的问题发生于1968年6月4日，埃里克.布莱斯(Eric Brice)上尉和比尔.西蒙斯(Bill Simmons)中尉驾驶F-4J 155554用Mk82炸弹轰炸荣市附近的一条公路交叉口时被一发37 mm高射炮弹击中。液压失效后紧接着是大火，埃里克.布莱斯命令他的雷达拦截官跳伞----他照做了。然而，他使尽全力也没有抛掉自己的座舱盖，最后随飞机一同坠海。副中队长奥维尔.埃里奥特(Orville Elliott)中校在7月24日也有着相同的经历，他在荣市附近执行轰炸任务时被高射炮击中。埃里奥特使用尾舵操纵这架F-4J 155551飞到海上，这时火警指示灯亮起，他命令后座安德里斯.丹贝卡尔(Andris Dambekaln)中尉跳伞。向布莱斯一样，埃里奥特在雷达拦截官弹射后也无法抛掉座舱盖：
"我知道只要我把黑色的座舱盖锁定把手向后拉，座舱盖就会解锁并那样放着，可我什么也做不了，我把发动机总电门关掉，认为自己最好告诉别人为什么我出不去。我按下麦克风说‘我出不去了’，然后发电机失灵，无线电也没用了。于是我回去推座舱盖，它很快就飞掉了，接下来的一切都进展顺利。我被一架直升机接走，两、三天后又回到战斗里。"
一支VF-154中队的鬼怪II双机编队正在向北越飞去，2架飞机均安装了4个三联装复合挂架，照片摄于1966年。双机编队之间的无线电通信问题在进行大过载机动时就会被暴露出来，UHF天线会被F-4的主翼挡住。尽管机组们多次要求，但直到F-4J升级成F-4S后才安装第二台无线电----一共2台AN/ARC-159电台。前方的F-4B-25-MC 152974于1967年4月轰炸书艳(Thu Diem)大桥时被小口径武器点燃，机组跳伞后获救。
这个问题不仅限于F-4J，前一天，第7航空队副司令罗伯特.沃利(Robert Worley)少将驾驶一架RF-4C前往顺化(Hue)执行任务时被困在看着火的飞机里，他的后座罗伯特.布罗德曼(Robert Brodman)少校弹射了，但他无法从燃烧的座舱里逃生。接下来的调查显示这架RF-4C的后座舱盖被抛弃后，前座舱产生了文丘里效应，400节速度的气流压着前座舱盖，导致其无法被抛弃。解决方案就是在飞行员座舱盖的最前端安装2个活塞，当弹射座椅手柄被拉动后就弹出来，把座舱盖推出去。
还有一些情况是任何技术创新都无法挽救的，很多任务里，恶劣的天气才是最主要的敌人。1965年12月2日，企业号参战的第一天----VF-96中队的罗伯特.米勒中尉和G.F.马丁中尉发现航母巨大的甲板在暴风雨中颠簸得相当剧烈，以至于他们做了几次尝试也无法降落，于是就"逃了"。接下来，他们在和A-4伙伴加油机受油时又遇到了困难，最后油料降到300磅以下，迫使他们于航母附近跳伞。12月28日，中队队友迪恩.福斯格伦(Dean Forsgren)上尉和罗伯特.朱厄尔(Robert Jewell)中尉遇到了相同的事情，他们驾驶F-4B 151438完成了一次武装侦察任务后试图在恶劣的天气中着舰，结果油料耗尽，2人同样被一架海妖直升机救起，而他们的鬼怪II则沉入了东京湾的海底。
F-4J中队执行的作战任务和他们于战争早期装备F-4B时非常地相似，他们被派往同一片防空地带，期待地空导弹和高射炮的威胁越来越强，在约翰逊总统下令禁炸期间远离河内/海防地区，进入老挝领空执行任务。1968年6月18日，VF-33中队的约翰.霍尔茨克劳(John Holtzclaw)少校和约翰.伯恩斯(John Burns)少校保护一架安装了铁路/公路遮断多功能传感器(TRIM)的A-6C前往荣市以北执行猎杀卡车的任务时意料之外地遭遇了一座地空导弹阵地，在没有收到警告的情况下，3枚SA-2导弹向他们的F-4J 155546飞来。
漫长的西太平洋巡航让飞机的蒙皮在海水和天气的侵蚀下变得斑驳不堪，肯.华莱士(Ken Wallace)中校的地勤们已经尽了最大的努力，给这架VF-154中队的F-4B-25-MC 152990重新上色，照片摄于1967年的岘港。此机后来被升级为F-4N，1983年11月退役。
和之前的很多飞行员一样，霍尔茨克劳甩掉了2枚导弹，但是期间损失了太多能量，最后被第三枚击中，把这架鬼怪II的一侧主翼炸飞了。机组跳伞后的落地点相距150英尺，他们最终成为了普雷布尔号(USS Preble DLG-15)驱逐舰上HC-7中队UH-2飞行员克莱德.莱森(Clyde Lassen)上尉的救援焦点。莱森冒着猛烈的高射炮火不断地来回进行尝试，其间还有一枚地空导弹向他的直升机飞来。他们在一片漆黑中3次降落，试着抢在敌军之前把霍尔茨克劳和伯恩斯接出去。莱森最后把他的海妖停在一处稻田里，从3个方向遭到攻击，位于舱门处的机枪手进行了还击，两名跳伞的海军飞行员一路杀出浓密的灌木丛和稻田，爬上了直升机。
在敌人领土内呆了一个小时，其中包括45分钟的交火，莱森起飞了，他躲开了更多的高射炮火，穿过海岸线，降落在执行雷达哨戒任务的朱厄特号(USS Jouett DLG-29)驱逐舰上，此时，这架被重创的直升机剩下的油料仅够飞行5分钟。因为这非凡的成就，莱森被授予国会荣誉勋章，也就成为了越战期间第一位被授予美国最高军事嘉奖的现役海军飞行员(之前阵亡的A-4飞行员埃斯托辛是追授)。