1990年代中期，快要结束的阿富汗内战因为塔利班的到来而再度紧张----由巴基斯坦人组建并管理，而且得到了来自沙特的资金支持。塔利班的成员都是逊尼派的原教旨瓦哈比教派，而且由于塔利班在阿富汗执行严格的沙里亚教法，塔利班和北方联盟爆发了全面内战，成千上万的阿富汗难民涌入了伊朗。在阿富汗至少有2股势力和塔利班对抗，减少了后者对伊朗边境城市的攻击，并且帮助缉毒。这其中包括了艾哈迈德.马苏德领导的伊斯兰促进会和名气较小的伊斯兰统一党。
1995至96年间，塔利班占领了阿富汗东部、南部和中部的绝大部分地区，作为对塔利班崛起以及他们席卷阿富汗全境的血腥战斗而做出的回应，艾哈迈德.马苏德和阿卜杜勒.拉希德.杜斯塔姆(Abudl Rashid Dostum)将军于1996年末组建了联合阵线(又被称为北方联盟)，他们退守阿富汗的北部和东北部，而剩下的地方被塔利班占据。虽然只控制着30%的领土，但北方联盟才是国际认可的阿富汗政府。
在巴基斯坦内务情报部的渲染下，西方人通常认为塔利班是一群无组织且涣散的民兵，但他们是训练有素的军事组织。这其中还包括了一支规模不大但技术精湛的空军，这就是伊斯兰埃米尔阿富汗空军(IEAAF)。在这其中，他们至少拥有5架可使用的L-39C信天翁教练机、7架米格-21战斗机、10架苏-20M和苏-22M-4K攻击机。1995年，这些飞机初首次参与了攻击北方联盟要塞的行动，到了当年6月，这些飞机已经开始在阿富汗上空巡逻，试图建立起对阿富汗领空的管理。他们的主要任务就是拦截外国的直升机和运输机----其中包括了伊朗和俄罗斯的----去给北方联盟和其盟友提供补给。1995年6月14日，2架阿富汗空军的米格-21拦截了2架给马苏德提供补给的米-17直升机。他们用航炮击落了其中一架，另一架迫降坠毁。1995年，一架给马苏德运送补给的俄罗斯伊尔-76被迫降于坎大哈。当年下半年，当塔利班进攻赫拉特的时候，阿富汗空军尤为活跃，并给杜斯塔姆将军的民兵造成了惨重伤亡。但是他们自己本身也遭受了损失，4架米格-21和1架米-8被击落，几乎所有的机组都阵亡了。
2架TFB2基地的F-5E在低空巡逻，AIM-9J和AIM-9P-1是伊朗空军虎II机群唯一合适的空对空武器。
1996年1月，伊朗空军参与了阿富汗内战，TFB7基地的C-130至少向北部的马扎里沙里夫机场执行了6次补给运输任务，给马苏德送来了食物和药品。得到了这些补给后，北方联盟暂时挡住了塔利班对喀布尔的进攻。此时，阿富汗空军仅剩2架米格-21，而且故意去侵犯伊朗领空。塔利班也开始为毒品交易提供帮助，经伊朗运往土耳其和欧洲。除了沙特的资金援助以外，海洛因和鸦片是塔利班的另一个主要收入来源。
伊朗空军做出回应，向马什哈德的TFB14基地派出9架F-5E和3架F-5F，相应的，这些F-5组成了141TFS中队。之后没多久，4架虎II被派往比尔詹德(Birjand)的霍尔(Khour)机场----位于马什哈德以南382千米处----这里是TFB12基地所在地。这些F-5通常挂载了2枚AIM-9J，在2座基地内待命警戒，一次又一次被召起去拦截塔利班的米格-21和苏-22。
1997年初，塔利班攻击了杜斯塔姆的民兵，几乎将其完全摧毁，迫使剩下的残部越过边境逃往邻国，一些杜斯塔姆的军官甚至倒向了塔利班，其中一人给塔利班送来了一架米-17。1997年夏，塔利班把注意力转向了伊朗边境，威胁到了马什哈德和呼罗珊省。作为回应，伊朗人沿着边境部署了伊斯兰革命卫队和陆军部队。而141TFS中队得到了TFB4基地的F-5E、TFB3基地3架前伊拉克空军幻影F.1BQ和7架幻影F.1EQ-5/6的支援。最后，这些法制战机新组建了142TFS中队。
除了火炮互射和F-5的一些对地攻击任务以外----主要针对毒品交易----虽然战争看起来一触即发，但到了1998年，伊朗空军又回到了和平时期的状态下。