确实，伊朗F-5在马什哈德的活动突然停止了。塔利班的威胁于2002年末在伊朗支援下被美国率领的联军剿灭了。由于很多前伊拉克空军的幻影F.1缺少零配件而无法使用，F-5机群的状态也非常糟糕，伊朗空军解散了142TFS中队----幻影在马什哈德封存。而F-5回到了TFB2和TFB4基地。TFB14基地仍旧是伊朗空军的一座前进机场，并以2001年7月5日因驾驶一架幻影F.1EQ-5坠机身亡的纳赛尔.哈比比.佐哈姆(Nasser Habibi Zoham)上校的名字命名为哈比比基地。TFB12基地接下来被关闭，那里的F-5都被撤走了。
TFB14基地因为美国在2003年改变对伊朗的政策后也发生了变化，随着美国入侵阿富汗和伊拉克，小布什总统将伊朗定为邪恶轴心的一员，并威胁要入侵。伊朗空军重新组建141TFS中队并调拨了至少8架F-5E----通常还得到91TFS中队F-4E的增援----在接下来的数年时间里驻扎于马什哈德。
和阿塞拜疆的对抗
就像众人所知的一样，伊朗和阿塞拜疆关系紧张，在2001年中，伊朗的F-5机群差一点卷入了另一场战争。7月21日，阿塞拜疆BP财团所属的地理3号考察船进入里海的伊朗所属海域。然后开始开采伊朗沙格、阿洛夫、阿拉兹油田的石油和天然气。之后没多久，阿塞拜疆海军就赶来收集标出国界的浮标，并移向南边。伊朗海军做出回应，派出了哈姆泽号炮舰，船员们把浮标又移回到原本的位置上。2001年夏，伊朗海军的P-3F猎户座反潜机在里海上空进行了数次巡逻，其中一次遭到了2架阿塞拜疆米格-25的拦截。这架P-3F被命令降落到巴库，这些狐蝠只挂载了R-60MK格斗弹，当2架F-14前来将其锁定后，米格-25很快就被迫离开。
德黑兰此时处在强大的压力之下，首先是来自美国，其次是和以色列展开了暗战。2001年，以色列指控阿泽里政权拒绝参与伊扎布特塔希尔的活动，而且支援巴勒斯坦恐怖分子。以色列的海军准备占领伊朗水域及海上油田----第3个威胁就是阿塞拜疆空军、海军和BP财团。伊朗情报部门已经证实以色列情报部门和阿塞拜疆军队及安全部队有着密切的合作，由于美国和以色列的威胁，德黑兰认为针对阿塞拜疆的行动可能把伊朗拖进一场战争。
6架挂载了AIM-9J的F-5E在马什哈德待命警戒，保卫伊朗东北部的天空。
没有得到任何同意，伊朗空军的F-5E、米格-29和F-14开始在里海上空巡逻。他们的飞行员被告知可以开火----并击落----任何遭遇到的阿塞拜疆飞机。确实，在当年8月，2架伊朗F-14A迫使2架阿塞拜疆空军的战斗机朝巴库方向撤退----但是没有开火。同时，伊朗空军采取了一些应急方案，其中一个就是把10架苏-24MK和10架F-4E部署到TFB2基地，然后和当地的F-5E及米格-29一起打击阿塞拜疆的军事集团。
最后，更加弱小的阿塞拜疆军队退缩了，避免了一场战争。即便如此，伊朗空军在冲突的18天时间里还是完成了108个战斗空中巡逻架次。
2003年，美英联军入侵伊拉克时，TFB4基地的F-5也遇到了同样的情况，他们被召起59次来拦截入侵的外国飞机。
2001年7月21日至24日伊朗和阿塞拜疆冲突期间，伊朗空军战机的飞行路线图。
