1965年8月13日，乌隆基地20TRS中队的弗雷德里克.梅洛(Fredric Mellor)上尉成为了地空导弹猎杀任务中的又一个牺牲品。他从低空的地空导弹射界范围外离开，可座机(56-0186号机)被地面火力击中后变成了一团火焰。他的僚机与他进行了无线电联络，但是当救援队被组织起来的时候，梅洛明显已经在枪战中被当地的民兵打死。
北越上空的侦察任务变得极为危险，1965年，有20架乌隆基地的RF-101C于低空高速飞行时中弹，其中4架被击落。战争的初期阶段，躲开已知的高射炮阵地还是比较现实的，但到了1965年夏，敌人加强了防空力量，在北越各地到处都能遇到机动高射炮部队。
1966年11月4日，SA-2导弹击落了20TRS中队文森特.康诺利(Vincent Connolly)上尉的RF-101C 56-0093，这是该中队首例由地空导弹造成的损失。1966年3月7日，他们似乎于防御严密的荣市地区被SA-2导弹打下了2架巫毒，杰迪.赖特(Jerdy A Wright)上尉(座机编号56-0043)和戈登.佩季(Groden L Page)上尉(座机编号56-0220)最初被列入失踪名单，他们的死因从未被查明。然而，两人的遗骸于1989年被认出，并交还给美国。他们非常可能发生了空中相撞，可是根据当时未被确认的无线电通讯的间接证据表明，他们的巫毒被一枚或多枚地空导弹打中了。数小时前，一架F-105D被一枚地空导弹击落于2架RF-101C坠机点附近10英里处。
一架RF-101从一座100mm高射炮阵地上飞过，拍下了这些重型高射炮和自己的影子。1965年，巫毒还无法拍摄河内周围的地空导弹阵地，因为它们不允许飞到河内方圆40英里范围内。由于地空导弹造成了损失，所以15TRS中队开始对嘉手纳基地的霍克地空导弹系统展开测试对抗，发现在至少5000英尺的高度上，每隔30秒就变换30°的航向可以防止雷达对RF-101C保持持续锁定。然而，如此剧烈的机动肯定会造成照片的失真，但这些测试飞行也帮助飞行员们发展出一套“拉起”战术，从100英尺高度接近目标，以40°角爬升至20000英尺并停留30秒，接着下降至10000英尺再爬升回20000英尺，最后下降至低空并离开。垂直分体式相机可以在10000英尺高度上拍出清晰的照片，而不是官方的15000英尺最低高度。
在11月4日空袭白马机场的一次行动中，F-105F 63-8273野鼬鼠机组于攻击一座地空导弹阵地的过程中直接被一枚SA-2导弹迎面打下，过了半小时，康诺利的座机在河内以南15英里处的荒舍(Hoang Xa)上空被另一枚SA-2导弹击中，他当时正在给一座公路桥拍摄轰炸损伤评估照片。这架巫毒立刻解体，飞行员身亡。
随着地空导弹威胁的上升，巫毒成为了美国空军首款使用QRC-160电子对抗吊舱的战术飞机，这种吊舱被匆忙研发出来，用于“弄瞎”敌方的雷达，来支援参与滚雷行动的F-105机群。该吊舱长90英寸、重量超过200磅，在3月运抵嘉手纳基地，并挂到几架1181工程的改装机体上进行测试。1965年4月29日的一次空袭行动里，45TRS中队派出了3架飞机，每架都挂载了4台吊舱，去干扰SA-2导弹的火罐搜索雷达和扇歌火控雷达。美国空军欧洲司令部旗下的RF-101C之前并未装备过电子对抗系统，因此，有过带着QRC-160吊舱到北越上空执行过任务的飞行员都会直接无视它的信号，依靠自己的“眼球”来观察威胁。然而，45TRS中队的保罗.萨比中队就是使用过吊舱的其中一人：
“1967年4月，改进过后的QRC-160-1障碍干扰吊舱被安装到一些RF-101C上，用于突然干扰SA-2导弹的雷达引导设备，以提供更好的保护，但完全没有效果。外挂的吊舱给飞机制造了额外的阻力，降低了最大速度。在这些任务里，更低的速度更容易遭到米格机的攻击，因此需要一架F-105护航机，可是它们有武装，而我们没有。我曾经两次带着吊舱飞行，但讨厌缓慢的速度----毕竟，速度就是巫毒的主要防御手段。第三次任务里，我独自飞行，感到更加安全，就像我们的座右铭一样，‘无武装，不惧怕’。然而，前往北越的任务需要护航机，因为主要目标周围都是高射炮和SA-2导弹阵地。”
乌隆基地内一排20TRS中队的巫毒，前排是打破速度记录的56-0119和56-0215(照相舱盖被打开)号机。后者接下来被转交给45TRS中队，1966年6月28日，詹姆斯.卡斯勒少校率领一群F-105轰炸越池大桥后，这架飞机便前去拍摄轰炸损伤评估照片。1968年8月6日，吉尔斯.哈罗(Giles D Harlow)少校驾驶此机向石盘(Thach Ban)附近一个潜在目标进行第二次侦察时被击中----他飞到海上安全跳伞，这也是RF-101C的最后一例作战损失。
巫毒的任务因此从侦察转变为电子对抗，它们的表现和操纵被外挂物严重影响了。在低空高速飞行中，吊舱被证明过于脆弱，无法承受振动，容易在舱内解体，这造成了难以根治的维护问题。同样，它们的空气动力效应也给RF-101C的主翼带来了麻烦。它们挂载在机翼围栏内侧的短挂架上，扰乱了机翼外部的气流，使机翼向下扭曲。这些QRC-160很快就被运回美国国内，并被更加坚固的QRC-160A-1取代(重新被命名为AN/ALQ-71)，但这些吊舱被拿去装备F-105，而不是RF-101C。
巫毒转而使用海军的AN/ALQ-51欺骗式干扰机，这种设备可以被安装在内部，解决了主翼弯曲的问题，此外，这种系统是自动的，只有在接收到目标雷达的敌对传输时才发射信号。它使用位于发动机进气道前方的2根短天线，可新的设备还是没能防止查尔斯.温斯顿(Charles Winston)的座机(编号56-0207)于1967年8月1日被击落，飞机的主翼于永安上空18000英尺处断裂，他没能活下来。虽然装备了AN/ALQ-51，但是巫毒飞行员们最好的防御手段就是躲开地空导弹，如果有僚机被派去参与任务，就可以提前发出警告。
绿蟒蛇战损
1965年4月29日，驻扎在乌隆的15TRS中队损失了他们的首架绿蟒蛇机体，当时RF-101C 56-0190是2架执行轰炸损伤评估任务的双机之一，它们冒着极低的能见度前往老挝境内。由于低垂的云层，查尔斯.谢尔顿(Charles Shelton)上尉不得不放弃自己的第一个目标，爬升至3000英尺高度，朝着自己的第二个目标飞去----桑怒的巴特寮老巢。接近目标的途中，他的座机中弹并起火。成功跳伞后，在村民们的注视下，谢尔顿呼叫救援直升机，可还是因为天气太糟，直升机只能调头离开。他躲藏了3天，最后被巴特寮俘虏。当地的苗族部落武装展开了140多次营救尝试，经过多次易手，他终于被送往北越，直到1994年才最终宣布他阵亡了。很多年时间里，他是2500多名美军将士里唯一在战争结束时没有被官方公布下落的人。