导致喀布尔政权最终胜利的一个重要因素是外国圣战者的残暴行为，他们折磨并杀害了从政府控制区叛逃的士兵和平民。外国武装分子对政府叛逃者的态度与阿富汗圣战者不同，后者通常对政权士兵比较好，甚至在自己的队伍中接受他们。这种友好的行为往往鼓励政府军官兵开小差，使得叛逃人数甚至更多。然而，在贾拉拉巴德的守卫者得知被俘战友的悲惨命运后，他们明白在这场战斗中，向圣战者投降不是一种选择，战斗只会更加激烈。
圣战者方面的另一个问题是不同派系背景的部队之间缺乏协调。虽然在场的巴基斯坦官员试图克服沟通和协调问题，但他们的活动大多是徒劳的。一名圣战者指挥官后来抱怨说：“一组人可能正在进攻，而另一组人正在睡觉。”此外，许多有影响力的反对派指挥官公开反对攻击贾拉拉巴德，而且拒绝派兵参与，他们辩称圣战者还没有能力发动常规战争，对一座戒备森严的城市的攻击将以灾难告终。历史证明，这些指挥官的看法绝对是正确的。
塔奈将军的政变失败
1990年3月初，阿富汗发生了一场反纳吉布拉的政变，如果成功，肯定会改变该国的历史进程。在贾拉拉巴德战役获胜和杜斯塔姆的民兵成功对抗马苏德在北方的军队后，喀布尔政权相信，即使没有苏联的直接援助，它也有能力抵御反对派武装，但真正的危险隐藏在内部。1988年，纳吉布拉试图引诱艾哈迈德.沙阿.马苏德加入政府，并授予他一个享有声望的职位，但是没有成功，随后，沙纳瓦兹.塔奈将军被任命为新的国防部长。
塔奈是一名强硬的普什图民族主义者，也是纳吉布拉的支持者和朋友----都是帕查姆派的成员----但他们的态度逐渐变得越来越对立。虽然纳吉布拉的战略是民族和解和冲突缓和的政策，但塔奈被视为鹰派。他不断要求用军事手段解决问题，据报道，他甚至建议向巴基斯坦首都伊斯兰堡发射飞毛腿导弹，以报复巴基斯坦对圣战者的支持。此外，随着塔奈目睹自己的哈尔克派与帕查米总统站在一边，他对该政权的不满变得更加强烈。塔奈是一名职业军人，他也对非普什图族民兵力量的增长感到愤怒。这些民兵基本上不属于正规军，还扮演着比以往任何时候都更重要的角色，甚至在正规军中起到了辅助作用。
1989年8月，阿富汗特勤局发现了一个普什图族哈尔克派系的网络，这些人与伊斯兰党秘密建立了联系。结果，127名哈尔克派系的警察被捕。对这些叛乱策划者的审判计划于1990年春季开始，这促使塔奈将军采取行动拯救他们。塔奈将军也与伊斯兰党保持联系。因此，1990年3月6日，塔奈将军发动了一场针对帕查米总统的政变。
政变前，塔奈不仅赢得了空军参谋长阿卜杜勒.卡迪尔.阿卡(Abdul Qadir Aqa)以及巴格拉姆空军基地322团和第355团的大部分人员的支持，还赢得了驻扎在首都外围的第15坦克旅的支持。事实上，尽管阿富汗空军在武装部队和整个政权中扮演着最稳定的支柱角色之一，可是在内部，哈尔克和帕查姆两个派系之间存在严重分歧，阿卡准将找到了足够多且愿意参与政变的飞行员。3月6日，巴格拉姆的战斗机开始对喀布尔的政府大楼发动攻击，而在地面上，坦克旅正前往首都摧毁总统府，一枚500千克的炸弹击中总统府，纳吉布拉差点丧命。与此同时，作为协调的迹象，赫克马蒂亚尔的伊斯兰党武装人员对首都周围戒备森严的政府军阵地发动了袭击。
然而，驻扎在喀布尔的政府军部队仍然忠于总统，由于防空火力猛烈，阿卡准将派出的喷气机进行的轰炸行动被证明是无效的。此外，一些起飞参加空袭的飞行员显然忠于纳吉布拉，并从政变中叛逃，将飞机降落到政府军控制的机场。喀布尔的民兵部队，特别是由内政部长穆罕默德.阿斯拉姆.瓦坦贾(Mohammad Aslam Watanjar)领导的精英特别卫队----他属于哈尔克派系，但仍然忠于总统----在阻止塔奈的装甲部队的进攻中发挥了重要作用。内政部的哈尔克派系部队大部分驻扎于喀布尔郊外，保持中立。为了报复对喀布尔的空袭，巴格拉姆机场遭到从马扎里沙里夫起飞的苏-22战斗轰炸机和BM-22暴风重型火箭炮的密集轰击。结果，至少有46架飞机在地面上受损或被毁，但随后有34架飞机得到了修复。
第二天，政变显然失败了。塔奈将军亲自出现在巴格拉姆，登上直升机飞往巴基斯坦，随后是一架编号为380的安-12，里面全是政变策划者及其家人。抵达巴基斯坦后，塔奈和其他官员就受到了巴基斯坦政府官员的正式欢迎，而赫克马蒂亚尔则公开表示支持政变者，甚至让塔奈成为伊斯兰党一支部队的指挥官。与此同时，巴基斯坦的其他阿富汗反对派主要人物则与他保持着距离，因为他们认为塔奈只不过是一个不值得信任的机会主义者。
因此，多亏了忠诚的指挥官，纳吉布拉政府得以幸存，但他受到了相当大的震动。纳吉布拉对哈尔克派系和政府机构的不信任导致他采用大量亲信参政，而且还有更多哈尔克派的人被清除出党内。结果，更多的哈尔克派成员开始在普什图人领导的圣战党派中寻找盟友，这引发了许多叛逃，后来，包括军队和空军在内的国家机构因民族问题而四分五裂。