阿富汗什叶派的失利
1998年9月初，塔利班显然正在为巴米扬市的决定性进攻做准备：塔利班从该地区引诱八名反对派指挥官加入其阵营后，他们的部队从北部、东部和南部侧翼包围了哈扎拉中心地带。虽然统一党的部队进行了顽强抵抗，但塔利班正在缓慢但稳步地接近这座城市。9月10日，伊朗运输机开始在巴米扬机场降落，以运送更多物资，并从位于巴米扬两座巨大佛像旁边的伊朗非官方领事馆疏散统一党的领导人和伊朗工作人员。
很快就清楚了，尽管统一党领导层和伊朗盟友做出了种种努力，塔利班仍将是这场战斗的赢家。9月13日，巴米扬市陷落，几天后，巴米扬以西的雅考朗镇也被占领。战败后，什叶派的战士深入高山和峡谷，为游击战做好准备。虽然他们输掉了一场常规战斗，但崎岖的地形使他们能够持续展开游击战，他们实际上继续控制着巴米扬省和邻近省份的大片山区。最终，这只会恶化哈扎拉贾特平民的状况，塔利班指责哈扎拉贾特站在统一党武装一边。失去巴米扬和亚考朗也导致统一党失去了可供军用运输机起降的简易机场。
马苏德的米-8MT之一，于1990年代后期从俄罗斯获得。马苏德使用这些直升机不仅为他在潘杰希尔和该国西北部其它地区的部队提供物资，还向在阿富汗中部活动的反塔利班部队运送武器。
通常在阿富汗内战中，统一党阵地的分裂让塔利班的处境更加轻松：比如，阿克巴里领导的统一党支派----1995年，阿克巴里站在马苏德一边，反对该党试图与塔利班合作的领导层----当塔利班在巴米扬获胜后不久就，阿克巴里就选择与他们结盟。这一事态发展使塔利班得以从该地区撤出急需的部队，并将其派往其它的前线，主要针对塔哈尔省的马苏德，同时将巴米扬被征服地区的治安工作交给阿克巴里。只有巴米扬、雅考朗和其它几个重要地区由塔利班直接管理。
1998年9月，于马扎里沙里夫取得胜利后，在塔利班似乎势不可挡的进攻压力下，什叶派捍卫者撤退的不仅仅是统一党的部队。塔利班军事机器的另一个受害者是纳德里领导的巴格兰省的小伊斯玛伊利封地。这个相对繁荣稳定的地区，在1980和1990年代的内战中基本上没有被周围混乱的战争骚扰过，但最终也落入了塔利班手中。和他之前的许多处于危急状态的高级军阀一样，纳德里将军乘直升机从卡扬河谷撤离，而他的部队要么投降，要么逃到更深处的山区。
因此，1998年夏天，阿富汗的战略局势发生了彻底的变化。正如以前多次发生的那样，在冲突中获得势头的一方显然比处于守势的敌人占了上风。联合阵线在北部省份的武装人员比塔利班多得多，但并不重要：激进的伊斯兰运动似乎赢得了这场战斗，因此，反塔利班武装的士气低下，他们中的许多人很快就准备加入获胜的一方或逃跑。在战争剩下的时间里，唯一一个强大到足以在常规战争中抵抗塔利班并控制相对较大领土的政党就是伊斯兰社会党，他们依靠马苏德的舒拉-纳扎尔部队来维持，其领导人布尔哈努丁.拉巴尼继续被国际社会承认为合法的阿富汗总统。
阿富汗中部的游击战
兴都库什西部的高山和深谷构成了阿富汗中部的景观，是游击队作战的理想地形。在这里，那些仍然愿意抵抗塔利班的联合阵线指挥官在公开战斗中被击败后撤退。在塔利班控制该国大部分地区的整个时期，除了伊斯兰社会党统治的东北部以外，尽管塔利班运动做出了努力，但该国中部的一些偏远山谷从未被他们占领：尤其是巴尔哈布(Balkhab)区和达拉索夫(Darya Suf)山谷，在那里，哈利利的统一党派系、全国伊斯兰运动和伊斯兰社会党的指挥官都很活跃，塔利班几乎采取了无情的军事行动，但并没有粉碎反对派的战斗意志。偶尔，成群结队的战斗人员甚至大胆地侵入该国西部和北部的开阔地带，然而，塔利班的重型武器和空中力量显然占据了主导地位。
2001年11月美军在巴格拉姆空军基地发现的米格-21比斯308号机。1996年，这架飞机曾由马苏德的部队驾驶。
反对派的武装偶尔通过运输机或----更频繁的是----马苏德的直升机进行补给。杜斯塔姆将军仍有至少一架安-32可以使用，这架运输机机定期在伊朗城市马什哈德和乌兹别克斯坦的泰尔梅兹之间飞行，甚至可能直接向阿富汗腹地运送物资。根据未经证实的报道，伊朗向统一党提供了几架安-32飞机，这些飞机降落在什叶派武装短暂夺回的阿富汗中部的砾石跑道上。
为伊斯兰社会党部队提供的补给是通过由伊斯梅尔.汗的指挥官之一----萨拉姆.汗(Salam Khan)控制的察哈尔扎达地区的一座着陆场输送。然而，萨拉姆于2000年加入了塔利班。此前，伊斯梅尔.汗不受欢迎地拜访了塔利班，他打算在阿富汗中部重建自己的势力，并在赫拉特酋长国时期与其合作的前盟友的帮助下打击塔利班。令他惊讶的是，伊斯梅尔.汗经历了一次未遂的刺杀之后，实际上被逐出了该地区，而该地区最著名的伊斯兰社会党指挥官的职位仍然由易卜拉欣博士担任，他在偏远的古尔山谷发动游击战，并继续成为马苏德在阿富汗中部的主要盟友。显然，即使在像兴都库什西部那样反塔利班指挥官面临永久失败危险的情况下，他们也无法克服分歧去建立一个有效、真正连贯、持久的反塔利班联盟。
一张显示1998年阿富汗控制区的地图：此时，塔利班已经控制了该国约80%的地区。伊斯兰社会党----同时以北方联盟或联合阵线的名义运作，实际上包括各种各样的力量----只控制了东北部。然而，一场鲜为人知的反塔利班叛乱活动正活跃在北部和中部高地的大部分地区。塔利班于2000年夏占领了塔鲁坎，到9月，他们的控制区已经扩展到了该城的东部。
