事实上，塔利班最终的进攻目标主要集中在塔鲁坎以东的法哈尔峡谷----这是通往巴达赫尚和喷赤河沿岸城镇的大门，马苏德的部队成功地守住了他们于冬季准备好的防线。根据现有的消息来源，塔利班实际上将他们的一些部队转移到了其它地区，以打击哈利利、杜斯塔姆和汗的抵抗武装，从而减轻了对马苏德的压力。塔利班的战斗机经常轰炸反对派在阿富汗中部的飞地，甚至在离杜斯塔姆很近的地方投下一些炸弹，但没有炸死他。
与此同时，乌兹别克斯坦空军直接支持反塔利班反对派。乌兹别克斯坦空军的飞机曾多次执行打击伊斯兰极端武装的任务，例如，2001年6月6日，乌兹别克斯坦空军和防空军的一架苏-24在攻击海拉坦附近的塔利班目标时被击落。机组全部阵亡。
2001年8月，塔利班于喀布尔举行了一次盛大的阅兵式，不仅展示了蛙-7火箭、众多坦克和装甲车，还展示了包括SA-2、SA-3和SA-13系统在内的防空武器，而阿富汗伊斯兰酋长国空军则展示了其喷气式飞机和直升机。阅兵场上装饰着横幅，横幅上用英语写着标语，显然是为了传递一个面向外部世界的信息。其中一条写道：“阿富汗是侵略者和殖民主义者的墓地。”讽刺的是，就在几周后，阿富汗就成为了世界唯一超级大国领导的一次重大军事行动的目标。
9月9日，反塔利班阵营遭受了无人预料的损失：两名伪装成比利时记者的基地组织恐怖分子用藏在摄像机中的炸弹暗杀了艾哈迈德.沙阿.马苏德。据报道，伤势严重的马苏德在被送往塔吉克斯坦由印度运营的法尔库尔战地医院时死在直升机上。基地组织的暗杀策划者可能希望，如果没有最受尊敬的指挥官----他一直是一个可以笼络人心的人物----阿富汗东北部的伊斯兰圣战组织将分裂成几个松散的组织，无法继续对抗塔利班。
不难想象，策划者故意将暗杀指挥官与针对美国的恐怖袭击前后呼应。基地组织可能预计，袭击发生后，美国将把注意力转向阿富汗，并与反塔利班部队结盟。对伊斯兰社会党的指挥官和普通战士来说，马苏德之死令人震惊，几天之后，伊斯兰社会党的代表才正式承认马苏德被暗杀。对指挥官死亡的唯一直接军事反应是，一架米-17或米-24直升机对喀布尔机场进行了罕见的夜间袭击，但没有造成任何损失。
9月11日，当美国正在经历基地组织于纽约和华盛顿特区发动的恐怖袭击之际，塔利班对喀布尔以北的伊斯兰社会党部队发动了大规模进攻。虽然前线保持稳定，但在美国入侵阿富汗之前的几周里，全国各地的塔利班武装都没有取得任何重大胜利。显然，失去马苏德并没有导致反对派立即溃散。
尽管在可能引渡奥萨马.本.拉登的问题上，美国展开了密集的外交斡旋，可是阿富汗内战仍在继续，塔利班空军积极参与了战斗。例如，10月5日，一架塔利班飞机向喀布尔北部的恰里卡尔镇附近投下两枚集束炸弹。与此同时，中央情报局与阿富汗东北部和中部偏远地区的各种反塔利班指挥官建立了新的或恢复了联系，并开始向该国派遣小股专员，随后是来自美国特种作战司令部的人。美国军方计划，这些组织将充当联合阵线和美军之间的协调员，并在对阿富汗的空袭中充当前进空中管制员。特种部队携带的数千美元装在袋子和盒子里，并送给了联合阵线的指挥官，以便让他们协助美军执行任务。
持久自由行动
美军领导的对塔利班和基地组织目标的轰炸----拉开了持久自由行动的序幕----始于2001年10月7日。袭击的最初几个小时是阿富汗伊斯兰酋长国空军不复存在的时刻：美军和英军不仅击毁了大多数可使用的塔利班飞机，还摧毁了无数老旧、不可飞行的米格-17、米格-15UTI、安东诺夫运输机和其它在1992年甚至更早时候被遗弃的飞机。许多阿里亚纳航空的客货两用机也成为攻击目标，以防止塔利班或基地组织在针对盟军的自杀任务中将其作为飞行炸弹。
一张有趣的照片显示了联军空袭坎大哈机场的后果。值得注意的是三架安-12、一架L-39信天翁、一架米-8/17和一架米-24/35的残骸。
虽然有几架塔利班战斗机在第一波袭击中幸存下来，但没有一名飞行员试图在一场注定失败的战斗中冒险起飞：相反，大多数飞行员受命回家。然而，一大群前共产主义政权的塔利班飞行员、机械师和其他专家并没有按照上级的命令“回家”或“消失在农村”，而是叛逃到了巴基斯坦，只留下了更年轻、更狂热的同志。据一名逃到巴基斯坦城市奎达的飞行员说，他们之所以决定离开，仅仅是因为他们知道自己没有机会对抗美国的技术：“塔利班已经要求我和其他人回去，但我们不会。我们不想死。你无法对抗美国的技术，这是不可能的。受过教育的军人都知道这一点。”
除了飞机，美军和英军的空袭还摧毁了雷达和地空导弹基地，以消除塔利班防空活动的潜在威胁。该行动最初阶段的主要目标包括坎大哈、赫拉特、信丹德、马扎里沙里夫、贾拉拉巴德和喀布尔的机场，以及基地组织训练营和其它高价值目标。塔利班唯一的反应是用高射炮(主要是ZU-23-2)胡乱射击，并发射了几枚防空导弹或肩扛式地空导弹，但无一命中。
美国袭击开始后，两架----一些消息来源称多达五架----塔利班的米-17直升机机立即降落到巴基斯坦西北边境省的库拉姆区，以避免遭到破坏。虽然巴基斯坦当局扣押了这些直升机，但据报道，一天后这些直升机被归还给塔利班，飞回阿富汗。尽管几架塔利班飞机确实躲过了美国的袭击，后来进入了复兴的阿富汗空军，可是它们的最终命运仍不得而知。