结束的开始
贾拉拉巴德之战、塔奈未遂政变以及许多不太严重的危机和遭遇都证明，纳吉布拉政府能够承受圣战者和国内反对派的压力。然而，政府成功的一个重要前提是：来自苏联的援助。1990年间，迄今为止相对稳定的苏联开始动摇，1991年，它慢慢走向解体，直到年底。自然，新独立的俄罗斯面临着一系列严峻挑战，纳吉布拉政权的命运并不重要。苏联解体前不久，某些圣战组织领导人甚至被邀请去莫斯科会谈。会谈结束后，苏联外交部表示，双方确认有必要将阿富汗的国家权力移交给临时伊斯兰政府----几年前，这一立场是绝对不可想象的。
随着纳吉布拉政权的局势恶化，阿富汗军队在战场上遭受了几次重大挫折，然而，这些挫折更多地是由于后勤功能失调和军队指挥官倾向于投降，而不是因为军队在与圣战者的直接对抗中处于劣势。圣战者继续支离破碎，受到内讧的困扰。
苏-17及其出口型苏-22是整个1980年代阿富汗空军数量最多、最先进的战斗轰炸机。他们通常装备无制导炸弹，结果在机组中非常受欢迎。这张照片来自一段1992年4月拍摄的视频，展示了苏-22M-4K 822号机正准备前往喀布尔，轰炸赫克马蒂亚尔的伊斯兰党武装。
给反纳吉布拉武装造成的最沉重打击是1991年3月占领霍斯特，这是一个重要的地区中心和霍斯特省的首府。在1980年代的大部分时间里，霍斯特要塞仅由运输机和直升机维持补给，因为所有陆路都被各派系的圣战者指挥官封锁。多亏了空中支援和重型武器，政府军在城市周围地区占据了主导地位，而周围的山区则牢牢地处于圣战者的控制之下。
这种僵局持续了多年，直到1991年初，由著名的贾拉勒丁.哈卡尼(Jalaluddin Haqqani)领导的圣战者才成功发动了一场成功的进攻，这场行动实际上是由巴基斯坦三军情报局官员协调和策划的。进攻发起时，地方政府单位缺乏补给，也不急于抵抗。这无疑帮助了袭击者，他们最终成功突破了军队的防御阵地，杀死了大约500名士兵，迫使霍斯特驻军投降。圣战者的关键目标是城外的新旧机场：圣战者设法接近机场，试图阻止运输机起降，两架尝试运送补给的安东诺夫被击落。
这场长达一个月的战斗以典型的阿富汗方式结束，这场战斗绝对无法与1989年贾拉拉巴德周围的激烈战斗相比：政权代表被允许自由前往喀布尔，而被俘虏的政府军士兵大多被允许离开当地或加入圣战组织。圣战者最终劫掠了这座城市和机场，他们在那里发现了许多安-26和安-32运输机的残骸，这些飞机于前几轮战斗中被摧毁。据阿齐米将军称，在长达11年的霍斯特围困期间，阿富汗空军于地面或起降期间损失了51架安东诺夫运输机。霍斯特陷落后，政府军只是发射飞毛腿导弹进行了报复，但该城仍牢牢掌握在圣战者手中。
在东北部的塔哈尔省，类似的情况也发生了，前几轮战争中由杜斯塔姆的一大队民兵增援的地方政府军在马苏德武装的压力下濒临崩溃。同样，主要原因之一是物流功能失调和投降倾向。政府军指挥官亲自飞往喀布尔请求补给，但他所有的尝试都白费了。塔鲁坎省会落入马苏德和赫克马蒂亚尔手中，可是赫克马蒂亚尔的极端武装不久后被著名的塔吉克指挥官驱逐出该市。塔鲁坎曾是马苏德的舒拉-纳扎尔(Shura-e Nazar)的首都，这个国中之国甚至开始为民用汽车发放牌照，并建立了第一家圣战者银行。政府唯一的反应是偶尔派出喷气式飞机对该市进行报复性轰炸，例如，1991年9月4日，从马扎里沙里夫起飞的苏-22飞机发动空袭，造成至少80名平民死亡。从军事角度来看，这些轰炸毫无意义，其唯一目的显然是惩罚反对派控制区的平民。
另一方面，在行为果断的指挥官的激励、补给和领导下，当政府军有了更好的准备时，他们仍然能够猛烈地打击敌人。例如，旨在清除该国首都以外的帕格曼地区的行动以政府军的绝对胜利而告终，可是确保进攻成功的部队是杜斯塔姆的乔兹贾尼民兵，而不是阿富汗正规军。喀布尔政府成功的另一个例子是对赫拉特省津达-詹(Zinda Jan)区的围攻，那里的政府军迫使活跃在阿富汗西部的著名伊斯兰军指挥官伊斯梅尔.汗处于守势，并将他的部队推向失败的边缘。然而，随着战斗的进行，1992年初，政府军指挥官劳夫.拜吉(Rauf Baigi)将军被阿西夫.德拉瓦尔(Asif Delawar)将军取代，德拉瓦尔将军由于不明原因----解除了围困，拱手让出了优势，确保了伊斯梅尔.汗迄今为止最重要的军事胜利。事实上，他所声称的成功是由摇摇欲坠的政府军赐予的。
政府愿意做出妥协，放弃对不太重要地区的控制，这也可以通过与伊朗就燃料供应达成协议来体现。1991年，政府急于寻找替代能源，从中获取急需的燃料，并开始向伊朗购买这种商品，作为回报，伊朗获得了直接通往什叶派居住的哈扎拉贾特地区的空中通道。因此，伊朗运输机开始给阿富汗中部的什叶派圣战者武装提供物资，而政府事实上认识到自己已经无力或不愿意干预伊朗在该地区展开的军事行动。