2013年的任务系统测试
到2013年第二季度，所有分配给VX-23中队的任务系统飞机都被配置为符合Block 2A或Block 2B版本的软件标准。Block 2版本的软件，为主要的传感器(APG-81 有源相控阵雷达、AAQ-37光电瞄准系统、AAQ-40分布式孔径系统和ASQ-239电子战系统)增加了Link 16数据链、多功能高级数据链的网络能力和功能。
BF-04号机继续使用Block 2A软件测试传感器套件。BF-05和CF-03号机广泛参与了任务系统测试，包括Block 2A版本的软件成熟度评估，为向位于亚利桑那州尤马海军陆战队空军基地的海军陆战队VMFA-121中队“绿色骑士”提供了关键信息，这是全球首支F-35的作战中队(Walkaround照片见本文结尾)。这架飞机还在帕克斯的海军电磁辐射设施参与了电磁环境测试。
CF-03号机在帕克斯和树林湖的海军空战中心飞机部进行了航母适用性测试，确定了F-35C着舰和拦阻装置系统所发现的技术挑战的范围。在这次测试中，飞机对MK7拦阻装置进行了第一次野外实地拦阻。今年晚些时候，CF-03号机对MK7和E-28 EMALS拦阻装置进行了40多次成功的钩抓，并对MK7拦阻装置进行了五次具有实用代表性的飞入钩抓。
2013年1月18日，F-35C CF-01和CF-02首次完成了双机空中加油测试。
不同的系统
2011年10月20日，美国空军作战测试与评估中心(AFOTEC：Air Force Operational Test and Evaluation Center)的指挥官们，美国海军作战测试与评估部队(OPTEVFOR：Operational Test and Evaluation Force)和皇家空军空战中心(AWC：Air Warfare Centre)发布了他们的作战评估OT-IIE报告，报告了F-35项目在初始作战测试和评估(IOT&E)准备就绪方面的进展。根据审查的主题清单，小组确定了一些技术问题，表明基本设计缺乏足够的稳定性。技术团队没有发现足以让一步生产停止的基本设计风险；并列出了已确定主要后果问题，但根本原因、纠正措施或修复措施仍在有效开发中。
报告给出了头盔显示系统、燃油排放子系统、综合动力组件(IPP：Integrated Power Package)和拦阻钩系统(AHS：Arresting Hook System)的关键技术发现。在讨论解决设计问题的程序时，埃茨上尉告诉《AIR International》杂志：“我们的飞机上有这些子系统。有些人一直在执行计划，有些人没有。我们(VX-23中队)参与了每一个技术领域，更广泛的海军航空兵团队参与了所有已知技术缺陷的解决方案识别。该团队与洛克希德.马丁公司的同行在基层进行合作，以确保我们为发现的每个缺陷起草并提供解决方案。在某些领域它比其它的更快。在我们进行硬件或软件升级之前，有些地方还有好几个月的准备时间，这些升级应该可以解决一些不足或者提高产能。”
2011年1月22日，VX-23中队的F-35B BF-02从帕塔克森特河的06号跑道上进行短距离起飞。
燃油排放子系统
OT-IIE报告给出了关于燃油排放子系统的以下详细信息：“目前的燃料箱设计已证明油料会被喷洒道飞机表面，导致飞机表面聚集和湿润，由于被集成到综合动力组件的排气系统中，因此还有潜在的火灾风险。CF-01和BF-04号机上的燃油排放试验结果不符合适航认证标准和JCS要求，原因是飞机着陆时表面浸油，并且由于襟翼内的燃油积聚而溢出到甲板上。这种情况会带来火灾风险，鉴于大量的高温表面和排气流，对短距起飞/垂直降落来说更为关键，因为飞机着陆后滑行时，甲板上的燃料可能会被点燃。这也为排放后的检查、面板拆除和低可探测度表面的恢复带来了维护负担。
“由于这些问题，空军和海军认为目前的燃料排放能力是不可接受的。两中短距起飞/垂直降落的燃油排放设计修改尝试均未成功，导致飞机操作限制(AOL：Aircraft Operating Limitation)，防止燃油排放，除非在紧急情况下或在特定的飞行测试追逐时。操作方面，为了减轻着陆重量，这可能导致需要抛售外挂弹药。空军已经禁止常规起降型排放燃料。需要进一步开发长期解决方案；但是，目前尚不清楚前进的道路。重新定位燃油排放阀会产生严重的并发问题。任何附加结构，如排放杆，都可能影响所有亚型号的低可探测度特性。结论：主要并发风险----这是一个重大的当前安全隐患，需要飞机硬件的更换。”