由于第8中队的换装过程进行得相当仓促，从理论学习到实际单飞仅有1个月的时间，因此产生了许多难以解决的后续问题。最大的问题就是来不及建立独立的零部件和维修体系，使得第8中队不得不完全依赖美军的支援。由于零部件和合格维修人员不足，使得该中队的F-104A经常不得不采取拆东墙补西墙的方式来维持运作，但即使这样也常常出现无机可用的困境。其次是人员训练严重不足，由于时间仓促，相关技术条令甚至都未来得及翻译成中文，更不用说进行透彻的学习了。最后，由于全空军上下对两倍音速战斗机的特性是一无所知，所以当部队训练完成后，空军总部一时竟然不知如何进行考核部队训练成效和战斗力。
就在第8中队尚未完成“阿里山一号”换装计划的时候，一连串重大事故就接踵而来：1960年7月20日，第一个乘坐F-104的王继尧上尉在驾驶4101号机进行单飞训练降落时因操作失误，在油门未收，减速伞破损加上机腹尾钩没能勾住拦阻索的情况下，飞机冲出跑道撞毁，幸亏人员无恙。
1959年“七零五”东洛岛空战后四名11大队43中队参战飞行员合影，从左起是何瑞基，张焰明、张岗陵，关永华。
1961年5月5日，4102号机在降落时因左右襟翼失效，导致飞机在低空快速进入滚转而失控坠毁，中队长晏仲华中校和队员于洪勋上尉不幸身亡。调查证实事故原因是维护人员接反了操作线缆接头。这是F-104“星战士”系列战斗机在台空军服役史上的第一个致命事故，也无疑是对第8中队的一个重大打击。副中队长殷恒源中校随即接替担任中队长一职。同时，张甲及黄东荣上尉也作为替补被选入第8中队接受“星战士”换装训练。
1961年10月，第8中队终于完成了全部换装训练科目，宣布正式形成战斗力。同年11月1日，该中队开始担负战备执勤任务，这是F-104系列战机的第一个海外用户，也是台湾空军乃至全东亚第一支形成战斗力的两倍音速战斗机中队。
4105号双座机，拍摄时间不详，可能为1968年
虽然正式形成了战斗力，但是由于换装训练时间仓促，第8中队仍未摆脱事故率高发的困境。1962年3月3日，台中基地因解放军飞行员刘承司叛逃而临时关闭，在空中进行训练的4104号机原计划降落，但是却因为跑道关闭而无法降落。等到机场重新开放时，4104号机燃料已经告罄，在强行降落中因发动机缺油熄火而坠毁，机组李叔元上校（“九二四”空战中“响尾蛇”导弹分队领队）和顾正华上尉虽然成功弹射，但是因为高度不足降落伞未能完全打开，双双坠地身亡。
空官17期李叔元上校，这是“九二四”温州湾空战后拍摄的，这架52-4494号F-86F实际上在空战中是钱奕强上尉的座机
同年7月12日，王继尧少校与黄东荣上尉奉命驾机从清泉岗基地起飞，前去支援遭大量小船“围岛”的马祖。王继尧的4203号单座机进行紧急起飞时，因发动机失效被迫弹射。由于在起飞前因时间紧急而未扣好飞行靴上的马刺，王继尧上尉的双腿在弹射时被座舱仪表板生生切断，最终伤重不治身亡。黄东荣上尉在目睹长机弹射后，向战管请示放弃任务，但仍接到了“继续执行任务”的指令。黄东荣上尉遂单机飞抵马祖上空，目视发现了百余艘小型渔船。由于座机起飞时为空优挂载，弹药只有2枚“响尾蛇”和400发炮弹。黄东荣灵机一动，想起年前郑茂鸿队长在基地阅兵时低空超音速飞行所产生音爆，将基地门窗震碎大半的事情，当即决定如法炮制：黄上尉随即下降至15-30米超低空，加速至1.3马赫，南北往返两次。音爆的强大冲击波掀起了巨大的波浪，冲散甚至掀翻了不少小船！马祖之围随解，这种独特的“音爆冲击”战法也得以成为了F-104部队的必备战术！
飞行靴上的马刺，用于在弹射时及时收拢飞行员双腿，继而起到防止飞行员双腿撞到飞机座舱仪表或其他物体造成伤害
鉴于第8中队的双座F-104B已经在事故中损失3架，美国方面于1962年10月提供了4105号双座机，以补充训练用机。
随着第8中队对F-104A的掌握逐渐成熟，该中队也开始逐渐与美军进行联合训练。1962年2月14日，第8中队和美军举行首次联合防空作战演习，6架第8中队F-104A担当防御方参演。1963年4月11日，第8中队首次前往冲绳嘉手纳基地，与美军RB-66电子战机进行模拟电子对抗演习。
“阿里山一号”计划所引进的F-104A在台湾空军服役的时间并不长。仅剩的全部18架飞机于1966年8月间被美国方面收回，用以援助巴基斯坦和约旦空军。其所遗留的空缺则由“阿里山五号”计划所提供的F-104G所填补。
注：王继尧上尉的弟弟王法舜（空官47期）在几年后也成为了一名“星战士”飞行员，但却同样于事故中身亡！
空军幼年学校6期毕业合影，前排左起为唐飞、毛节盛、孙平，后来均进入空官32期
