值得一提的是，在换装具备全天候能力的F-104G战斗机之前，台空军中唯一具备完整夜间与恶劣天候作战能力的飞机是新竹基地第44中队的F-86D。为了加快换装进度，台空军特意抽调了第44中队一批骨干前往参加换装训练，但这种做法却也无意之中产生了一种反效果：那些习惯于飞亚音速F-86D的飞行员往往执着于旧的操作习惯，忽视了F-104G的高空高速特性。曾亲身参与了F-104G换装工作的祖凌云少将（他是第8中队的F-104A种子飞行员之一）在多年以后曾不无尖刻地回忆道：“因为F-86D是次音速战斗机，他们就将F-86D的那一套拦截战法，稍作修改，然后用到F-104G上来，但运用的速度仍然是次音速。久而久之，不管是飞行员还是地面管制官，再也无人会超音速拦截，于是能飞两倍音速的F-104G，就一直当次音速拦截机用。因为原来飞F-86D的那几位是全天候拦截的权威，大队以上各阶层的长官，都对此深信不疑。8中队曾有人提出异议，得来的答复是‘不要以为你们先飞F-104，什么都懂，这是F-104G，不是F-104A！’因羡慕而生嫉妒，因嫉妒而否定真理，在这种心理驱使下，8中队飞行员只好闭嘴。”
访问清泉岗基地的南越总理阮高祺，陪同的是张汝诚副大队长。与张汝诚的经历类似，曾经有过被俘经历的唐积敏中将（空官23期）也是因为陈燊龄的力争才得以继续服役。
与阮高祺合影的张汝诚上校
为了加强领导和管理能力，第三联队于1965年特别增设了一个副大队长职位，曾经是第11大队44中队第一任F-86D全天候截击机中队长的张汝诚上校被加派第3大队任副大队长一职，负责指导全大队的夜间截击战术。据台空军官方出版的传记记载，1963年徐廷泽事件发生后，原先曾经有被俘经历的飞行员一律遭停飞，经时任第3大队大队长陈燊龄上校向时任空军总司令徐焕昇上将力争，才使得有过类似经历的张汝诚上校没有遭受停飞的结局。
从1970年起开始执行的“阿里山六号”计划则第一次为3大队之外的中队换上了“星战士”。为了填补“玉山计划”中军援F-5A/B数量的不足，美国方面同意无偿移交1个中队F-104A和2个中队F-100A战斗机，以弥补3个中队的数量缺口。这一次F-104A的换装单位是驻新竹基地的11大队41中队，总计接收了22架前美空军第331、319截击机中队退役的F-104A和3架F-104B以取代该中队之前配备的F-86F“佩刀”式战斗机。需要强调的是，这些F-104A换装了推力更大的J-79-GE-19A发动机，再加上其维持了F-104A型原有的较轻的机身结构，因此它们实际上拥有整个“星战士”家族中最优秀的加速和爬升性能。
担任第3大队长的陈燊龄上校与第7中队4343号机合影。陈燊龄于1971年晋升空军少将并担任第三联队长
驻新竹的第41中队从1970年12月1日起在中队长孙平中校的指挥下开始前往台中清泉岗基地进行换装训练作业。首批接受换装F-104A训练的第41中队成员包括刘君扬、傅慰孤、李协和，高巍和、萧金泽、黄植炫、周锡湘、曹治宇、谢在民和颜胜义等17名飞行员，以及500名地勤支援人员。第41中队在1970-1975年间使用过这批特型F-104A，并于1974年11月并入清泉岗第8中队，用以弥补事故损失。这批F-104A沿用早期F-104A的“42xx”编码，为4241-4262，双座型F-104B编码则为4121—4123。1971年3月完成“阿里山六号”计划后的第二战术战斗机联队编制为：第11战斗机大队，下辖第17、48中队使用F-100A，第41中队使用F-104A；第2修补大队；第2基地勤务大队。联队另直辖第44训练中队（使用F-86F和T-33A）。第44中队于1972年移防台东基地。
第7中队F-104G及飞行员，摄于换装初期
截止1974年底，第三联队的F-104“星战士”系列战斗机自服役伊始已经在各类事故中损失了30架。为了填补中队中的缺额，第8中队在当年11月16日奉命解散，其下辖飞机和人员大部分并入第7、28中队中。原新竹基地第41中队搬迁清泉岗基地，改番号为新的第8中队，中队长一职由原41中队长孙武泰中校接任。原第8中队长胡世霖中校（1967年“113”空战参加者）调职为督查室副主任，原第8中队副中队长孙国安中校，分队长谭宗虎、林立功少校继续留任第8中队。
在1976年的空军番号大调整中，第三联队于当年1月更名为第544战术战斗机联队，然后于8月再度更名为第427战术战斗机联队。第二联队于1976年1月改名为第516战术战斗机联队，8月更名为第499战术战斗机联队。有意思的是，无论是“544”或者“427”，还是“516”和“499”，其三个数字相加后的尾数都是3和2，因此在习惯上人们还是将清泉岗联队称之为“第三联队”，而把新竹联队称为“第二联队”。
与涂有东南亚丛林迷彩涂装的4304号座机合影的第7中队长孙国安中校。孙国安为F-104安全飞机时长纪录保持者，共计有3115“星战士”飞行小时
原第41中队的4253号F-104A，属于“阿里山六号”计划产物
