2. “潜伏敌营十八年”
在两岸高度对峙的年代，F-104部队无疑是对峙中前线中的前线，自然也成为了“潜伏”与“谍战”的焦点。早在第12中队的RF-104G开始执行任务之初，台空军就发现：无论RF-104G何时行动，对岸的解放军总能在第一时间作出反应！为了掩蔽RF-104G的行踪，台空军采取了种种办法，包括超低空飞行，不断改换侦察机无线电呼号，将侦察机混在例行大陆沿海巡逻的F-104战斗机中等手段，但都无法逃脱 “法眼”：只要侦察机一起飞，几乎可以肯定会在目标区遭到拦截或高射炮火！
种种迹象最终指向了内部人员泄密，但保防单位的历次调查全部无功而返。这样的情况一直持续到九十年代，第12中队的侦察机飞行员在执行任务时甚至会接到来自对岸，指名道姓的“亲切问候”！据前空军副司令张延廷中将（官校63期，2020年退役）回忆，自己在第12中队服役期间每次驾RF-104G机起飞，耳机中甚至会传来普通话无线电呼叫：“咦张延廷，今天你声音有点沙哑，是不是感冒了，是不是没睡醒”！
除了“备受关注”的12侦察队，第3大队在“阿里山”计划早期还接收过一批具备投放战术核武器能力的F-104G。当时美国驻台核武器全部由美军集中保管于台南基地，一旦有事即可分发给台空军使用。可是据前空军副总司令黄庆营中将的回忆，在一次例行检查中，3大队的祖凌云和黄东荣发现核弹投放装置的电路被人以极为隐秘且只有内部人员才可能知道的手法给剪断了！大吃一惊的反情报队对此花费了大量人力物力进行调查，也将一些有过被俘经历的人员列入了怀疑名单，可最后还是无果而终！
1978 双十阅兵彩排
3. 擦枪未走火
1965年8月17日，一架编号为0146的F-100“超佩刀”在执行大陆沿海巡逻时坠海，飞行员韩国峰少校身亡。在搜救韩少校时，一架HU-16水上飞机遭解放军战机纠缠，为此第3大队先后派出驾驶驾驶4329、4320号机的苏根种上尉、王水运中尉，以及驾驶4322、4327的林振国少校、李作复上尉前去解围，最终掩护HU-16安全返回澎湖基地。
1965年11月13-14日夜，乌坵海战爆发。第3大队于14日0:10分派出第一批4架，05:40派出第二批4架，09:30派出第三批8架，12:16派出第四批2架F-104G飞机前往乌坵海域执行搜索任务，均一无所获。
1968年某日第3大队派出第7中队谢崇科、萧润宗少校，石贝波、金正岳上尉四人驾驶F-104G执行深入大陆巡逻任务。为向可能出现的歼-7战斗机示威，四人全部身穿高空压力服，飞机采无挂载，全程保持无线电静默，以1.5马赫和1.8万米的高空高速侵入大陆上空，并最终爬升至1.7万米高空，以展现F-104G的战力。
3171号歼侦-6
从1972年9月29日起，为报复日本与大陆建交，驻新竹的第41中队F-104A开始执行拦截日本客机任务，逼迫日客机绕行台湾东面—日与那国岛前往东南亚。
1977年7月7日，解放军空军第2独立侦察机团1大队2中队长范园焱驾驶编号为3171的歼侦-6侦察机叛逃。第3大队派出8中队李希宪少校驾F-104G与范园焱驾驶的歼侦-6进行模拟空战对抗，试图摸清歼-6系列的优缺点。
1987年11月19日，解放军空军第49师中队长刘志远驾驶40208号歼-6战斗机叛逃。当时第8中队派出秦宗玺少校，葛金琦、陈泰伟，刘盛隆上尉四人驾驶F-104G前往拦截，并安全引导40208号机降落清泉岗基地。
叛逃到台湾的刘志远和40208号歼-6
台空军在获得该机后，随即成立了以空军参谋长林文礼中将挂帅，作战署长范里少将亲自指挥，第427联队长孙国安少将负责后勤支援的专案小组，并调集台东第46“假想敌”中队蔡耀明中校，庄中毅、黄青洪和沈一鸣少校（2019年7月出任台军参谋总长一职，2020年1月2日在前往宜兰雷达站慰问途中坠机身亡）组成的精英试飞团队，专门以F-5E/F战斗机与40208号机进行模拟空中格斗，以摸清歼-6飞机的性能特点。
1988年5月12日夜，一架编号为2510的厦门航空波音737遭劫持飞往台湾，当时正在空中执行训练任务的3架F-104（机组分别是黄集宏上尉/王琏少校，陈泰伟上尉，张克辛上尉/柏关忠少校）前往拦截，并顺利护航该机至清泉岗基地降落。
空官29期林文礼上尉，在五大队服役时与17中队“方格”机头涂装F-86F的合影
