洛克希德.马丁公司副总裁兼F-35项目总经理格雷格.乌尔默说：“F-35飞行试验计划代表了航空史上最全面、最严格、最安全的发展性飞行试验计划。”461FTS中队指挥官、爱德华兹空军基地F-35综合试飞主任塔克.汉密尔顿(Tucker Hamilton)中校评论了最近的一次8机试飞任务。“这向我证明了F-35确实是我们所需要的飞机。已经走了很长一段路。我不知道几年前我是否会这么说，但这架飞机现在真的很有能力。”
对于洛克希德.马丁公司的试飞员比利.弗林(Billie Flynn)来说，在F-35上工作最超现实的经历就是把飞机带进气候房，看看它在最极端的环境下表现如何。“把它冷冻到-40°F，再烤到120°F，通过这些独一无二的制冰喷射机向它发射冰块，同时把一架F-35停在一个关着门的机库里，”弗林说。“我们已经粉碎了所有质疑这款飞机的能力的主观看法。它的生存能力和杀伤力超出了我们的预期。”
F-35在佛罗里达州埃格林空军基地的麦金利气候实验室接受了抗严寒测试。
联合项目办公室已经带领F-35度过了艰难的时期，以适应当前的形势。它提高了对开发、生产和维持成本的总体把握，并经受住了一些备受关注的技术问题和尴尬，尤其是2014年的发动机失火阻碍了飞机参加英国航展。自主后勤信息系统的设计目的是识别、跟踪和支援工程问题的“修复”，这也让人感到沮丧。最新的问题围绕着紧固件孔的腐蚀，以及由谁来支付修理费。
尽管系统开发与演示阶段已经结束，可是该项目的生命周期意味着后续的开发测试将继续进行，所谓现代化加强的持续能力开发和交付(称为C2D2)将针对Block 4版本的软件以及接下来的升级包。随着初始作战测试与评估的大门已经打开，里程碑C阶段的全面生产决策正在等待中，F-35项目似乎处于有利位置，目前交付了300多架飞机，它正朝着成为有史以来最成功的战斗机之一的方向前进。
2013年，VX-23中队的综合测试部队的飞行员在在马里兰州的帕塔克森特河基地合影。
事故与损失
2014年6月23日，58FS中队的F-35A 10-5015/AF-12在滑行起飞时发动机的3级涡轮风扇叶片发生爆炸，飞行员放弃起飞并安全逃生，没有对其它设施造成损坏。事后的调查显示，在起飞滚转过程中，转子的第三级前部整体断裂并松脱，导致发动机失效。发生故障的转子叶片在穿过飞机上部机身之前，切断了发动机的风扇罩、发动机舱、内部油箱、液压和燃油管路。发动机故障造成的损坏导致泄漏的燃油和液压油点燃并烧毁飞机后部三分之二。据估计，事故造成的损失总额超过5000万美元。
2016年9月23日，61FS中队的F-35A 12-5052在随其它5架闪电II部署到芒廷霍姆基地，在早上08:52启动发动机时引起了一场无法控制的火灾。启动被立刻中止，飞行员安全离开仍在燃烧的飞机，头部只受轻微烧伤。维修人员做出反应并扑灭了大火。飞机后部遭受了严重的火灾破坏。报告说，虽然这次事故造成的总成本仍有待确定，但据估计，损失超过1700万美元。事后的调查原因显示主要是因为过强的尾风而导致的。
2016年10月27日，波弗特陆战队航空站VMFAT-501中队的F-35B 168507/VM-01在一次训练任务中弹舱起火，并紧急迫降。经过了损伤评估，由于修复这架飞机需要耗费大量的资金，因此美国海军陆战队决定报废此机，并将其当作维护训练的教具，这也是陆战队损失的第一架F-35B。
CF-02号机在马里兰州帕塔克森特河基地的靶场上空以倒飞姿态发射了一枚AIM-9X导弹。
