然而事实证明，麻雀导弹的效果远不如预期，这主要是因为政治上强加的交战准则(RoE)对其使用施加了操作限制。这些限制要求在发射导弹之前对目标进行目视识别，从而抵消了武器的超视距攻击能力。
由于米格飞机尺寸较小，通常要到距离鬼怪II 1.5英里的地方才能看到，这使得共产主义军的喷气机处于麻雀导弹的最小发射范围内，而F-4则位于米格机炮的最大射程处。此外，麻雀导弹还容易受到地面杂波的干扰，并且对飞行高度低于导弹载机的目标跟踪效果非常差。
当VF-114于1962至63年首次使用F-4B展开西太平洋巡航时，它是CVW-11联队中唯一的鬼怪II单位。正如这张停泊在日本的小鹰号航母的照片清楚地显示的那样，这次部署中，VF-114中队的战斗机职责与装备F-8D的VF-111中队共同分担，后者的飞机被固定在右舷1号弹射器上。
对麻雀导弹进行补充的是AIM-9B(AAM-N-7)短程红外制导响尾蛇导弹，它已在1958年台湾国民党空军F-86F与中国共产党空军米格-15和米格-17之间于台湾海峡上空的交战中首次亮相。在这些大规模冲突中，该导弹取得了4个战果。
响尾蛇是比尔.麦克莱恩(Bill McLean)在加州中国湖海军军械试验站研制的，其历史可以追溯到1950年代初。当时，响尾蛇是一种仅从目标后方发射的导弹，在距离1至1.5英里的30°圆锥内发射时最为有效，导弹的导引头可以锁定敌机发动机尾喷口排出的热气。
与麻雀一样，响尾蛇是为拦截非机动轰炸机而不是灵活的共产主义军战斗机而设计。北越上空的经验很快证明，AIM-9的包络线会随着导弹载机对其施加的过载大小而变化，这意味着它在"激烈的混战"混战中并不那么有效。而且，还可以通过"低空急转弯"来击败它。
1961年9月，首次航母起降资格测试期间，一架VF-114中队早期型的F4H-1正降落在珊瑚海号的甲板上。
当AIM-9B/F-4B组合在1967年被大幅改进的AIM-9D所取代时，海军只用它打下了两架米格机。新型号采用了改进的导引头冷却剂(高压氮气)，新的发动机，射程更远，外形更时尚，阻力更小。
在越战使用过所有型号的响尾蛇中，AIM-9D(响尾蛇1C)的战绩是最高的。到了1968年，这种导弹开始给AIM-9G让路，后者最大的改进就是响尾蛇扩展捕捉模式(Sidewinder Expend Acquisition Mode，简称SEAM)，这种模式使得导弹的引导头可以听从雷达的指挥，让引导头直接指向目标。同样，导弹的射界范围又增加至25°。其中的还包括头盔目标瞄准具在战斗中测试，并于1970年代中期被采用。
然而，虽然拥有先进且不断升级的导弹，但鬼怪II仍然缺乏一个关键因素----它没有配备航炮。尽管地勤们通过挂载航炮吊舱(SUU-23，在自供电GAU-4吊舱里的一门M61火神20 mm六管加特林炮)来纠正这一严重疏忽，可事实证明这是行不通的，因此被放弃了。挂载了航炮吊舱后，机身中线下的那个挂点就不能挂载副油箱，导致两个较小的副油箱占据了外主翼挂架上的重要空间。而且，甲板弹射和着舰的冲击进一步加剧了航炮吊舱的整体不可靠性。即使存在这些问题，类似的系统还是在美国空军和海军陆战队中取得了一些成功，并得到了更广泛的应用。
随着东南亚紧张局势加剧，美国海军正在从麦克唐纳的F-3B恶魔截击机向其替代品F-4鬼怪II换装。恶魔飞行员很少参与缠斗或"骚扰"(飞行员将其称为ACM或空战机动)，在他们换装机动性更强的鬼怪II并努力对抗敏捷性无限的米格-17时，这一点就表现出来了。
F-4老鸟以及前战机武器学校的教官约翰.纳什(John Nash)向作者解释道。没有内置航炮是一个"悲剧性的错误"：
"F-4需要内置航炮，美国空军拥有更好的F-4E型(具有内置航炮)。虽然海军购买了Mk4(GAU-4)航炮吊舱，但它‘毫无价值’，这只是轻描淡写的说法。当我在VF-121中队/Topgun服役时，海军航空兵的平民禁止我们去内利斯免费获得40个美国空军的SUU-16航炮吊舱。
"拥有内置航炮会给机组们多一种击杀的选择。但同样重要的是，这会改变敌人的战术。如果有航炮，就更加着重防御米格机的重大威胁。事实上，在空交战中，一架美国海军F-4位于敌机后面500英尺处，如果没有航炮，就完全无效。"