炸桥
滚雷行动的第二阶段始于1965年4月，美国空军集中攻击了北越的众多公路和铁路桥梁。对于F-105飞行员来说，这是整个战争中最艰难、代价最高的阶段之一。与第一阶段一样，攻击范围仍位于北纬20°以南，但从滚雷行动9号开始，攻击范围进一步向北扩展。夏普上将瞄准了三座桥梁，其中位于清化的颔龙(Ham Rong)大桥(距离河内仅70英里)被分配给美国空军。这座桥承载着从河内向南横跨马江(Son Ma)的重要公路和铁路交通，受到高射炮的严密防守，并给F-105部队造成了重大损失，直到1972年才被摧毁。56英尺宽的清化大桥于1964年在中国指导下修建，跨度540英尺。这座桥大量使用了钢筋和混凝土，其强度远远超出了任务规划者的预期。
4月3日，46架F-105战机携带254枚M117炸弹、32枚AGM-12A小斗犬无线电制导导弹和266枚2.75英寸火箭弹对桥梁实施了首次大规模打击。来自呵叻基地的莱斯纳中校和67TFS中队领导了这次空袭，达欺的354TFS中队提供支援。小斗犬导弹准确命中了关键结构点，但效果不佳，炸弹只造成了表面损坏。F-105D为飞行员准备了一个小控制杆来控制导弹，飞行员在飞机于18000英尺高度以20°角俯冲时发射导弹，这需要相当的协调能力以及飞行员注意力的高度集中(而不是去躲避地空导弹或者高射炮)，每次通场只能发射一枚。
34TFS中队的62-4356号机"MUMBLES"在军械区完成面板和轮胎检查并"拔出插销"给所有弹药解除保险后，正带领着呵叻基地的F-105沿着滑行跑道进行"大象漫步"。KC-135加油机通常比F-105提前20分钟起飞。
莱斯纳的飞机在这次攻击行动中再度中弹，但他安全地返回了基地，并按照麦康奈尔将军的要求策划了第二天的后续空袭。这一次，所有48架F-105上的小斗犬都被M117所取代。同样也没有飞机来压制高射炮火，因为一名401TFW联队的F-100飞行员在昨天激烈的战斗中被击落阵亡了。莱斯纳的计划由于能见度太差以及加油机的迟到而被拖延，一些飞机不得不在大桥以南10英里处等待轰炸时间的到来。354TFS中队的"Zine"小队远离空战战斗空中巡逻小队的保护，结果遭到了4架北越空军921团米格-17的拦截(来自内排机场)，这些米格机从高空发起俯冲攻击，而满载炸弹的F-105以375节速度飞行，无法躲避北越米格机的攻击。
米格机长机飞行员陈翰向弗兰克.贝内特(Frank E Bennett)的F-105D 59-1754靠近，三炮齐发，打击致命。弗兰han克驾驶着重伤的飞机向东脱离，并于海上跳伞，但是他在救援队来到之前就在湄岛(Hon Me)附近的海面上淹死了。正当剩下的F-105D试图转向米格机之际，陈翰的僚机黎明焕向詹姆斯.马格努森(James Magnusen)的59-1764号机发起攻击，马格努森的飞机拖着火焰坠毁，他也因此丧生。但黎明焕很快也被击落了，416TFS中队的飞行员唐.柯古斯(Don Kilgus)上尉驾驶他的55-2894号机获得了F-100在整个越战中的唯一战果(但是没有被官方承认，因为当时种种政治方面的避讳)。另外两架米格-17也没有返航，看起来是被他们自己的高射炮干掉了。约翰逊总统将这个空战战果看做是政治上的妨碍，并且声明他"再也不希望看见更多的米格机被击落了。"(这就是官方不承认柯古斯这个战果的主要原因)。另一架F-105D，67TFS中队"Steel"小队的62-4217号机被高射炮击落，飞行员卡莱尔.哈里斯(Carlyle S Harries)上尉跳伞后被俘。
1965年4月4日，416TFS中队的飞行员唐.柯古斯(Don Kilgus)上尉驾驶他的55-2894号机获得了F-100在整个越战中的唯一战果(他后来成为了一名F-105G飞行员并再次来到越南战场)。约翰逊总统将这个空战战果看做是政治上的妨碍，并且声明他“再也不希望看见更多的米格机被击落了。”(这就是官方不承认柯古斯这个战果的主要原因)。
虽然遭受了300多处打击，但颔龙大桥40英尺厚的混凝土桥墩仍然屹立不倒，直到1972年。这两架划归到921团帐下的F-105也是美军在越战中的首例空战损失。4月4日，5架EC-121D"大眼"预警机被部署到新山一(Tan Son Nhut)机场，与45TFS中队的F-4C进行战术协调，从一定程度上缓解了米格机的威胁。
在1965年6月12日结束临时任务派遣时，354TFS中队一共完成了1132个起落架次，自身损失5架飞机，其中4人获救，另一人罗伯特.皮尔(Robert Peer，他的父亲在第一次世界大战中是英国皇家飞行队的飞行员)中尉于5月31日攻击颔龙大桥的一次行动中被高射炮击落，跳伞后被俘。他当时驾驶的是F-105D 62-4381"Give'em'L"，那个时候，很多F-105涂上了不起眼的绰号。这些绰号通常被刷在主翼前缘的进气口两侧，以鼓舞士气。
第一次攻击清化大桥的行动结束后，354TFS中队又回到了他们攻击交通路线的本职工作中。4月5日，16架F-105轰炸了铁路以及9号公路，消灭了2列火车和一支卡车队，但泰迪.盖(Teddy Gay)上尉的F-105D 59-1742被高射炮击落，他随后被一架空军的HH-43哈士奇直升机救走。
34TFS中队的62-4356号机"MUMBLES"被60-0449号机"007"和61-0194号机"Avenger"夹在中间，准备从呵叻的跑道上起飞。每架喷气式飞机都可携带13500磅炸弹。飞机通常以195节左右的速度离开跑道，达到220节的速度时收起落架。排气中的透镜状冲击波视觉扭曲表明加力燃烧室运行良好。
