损失
5月，目标扩大到几个弹药储存区，563TFS中队在当月又遭受了三例损失。9日，罗伯特.韦斯特兰德(Robert Wistrand)上尉的F-105D 62-4408于攻击老挝木甲山口的高射炮阵地时被击落，他没有跳伞。6天后，在一次悲惨的事故中，罗伯特.格雷斯科维亚克(Robert Greskowiak)上尉驾驶满载的F-105D 59-1753从达欺起飞时因失去动力而坠毁，砸死了5名平民还撞坏了一座佛庙。最后，在5月18日，大卫.赫德利卡(David Hrdlicka)上尉驾驶F-105D 59-1753随中队参与钢虎行动时被击落于老挝境内。他跳伞后被俘，3年后在狱中死亡。
从5月22日起，天气转好，美军得以对20°线以北的目标发动首次攻击，并派出40架F-105轰炸了广绥(Quang Soui)兵营和富贵弹药库。这些F-105还参与了南越A-1对富黎(Phu Le)和武山(Vu San)军营的攻击。就像这些攻击行动证明的，雷公毫不妥协地一路向北炸去，以回应河内的顽固立场。然而，残酷的事实是，桥梁和高速公路在美军袭击后的五到三十天内就会被修复，而"兵营"都是木质建筑，能够很快得到重建。河内没有进行谈判，而是增加了劳工大军。
至1965年6月，在参谋长联席会议列出的95个目标中，只有22个被击中，而且很少有目标遭受长期破坏，但威斯特摩兰将军说服美国政府将重点放在南越。尽管如此，到了战争的这个阶段，F-105在一些F-4的支援下，承担了55%的北越境内的轰炸任务，而且他们受到米格机群的威胁也越来越大，参谋长联席会议决心通过轰炸其机场来消灭米格机部队。麦克纳马拉再次拒绝了所有此类请求，内排机场的米格-17不可避免地再次向雷公机群发起挑战。
一架F-105的"标准"中线炸弹(六枚M117)可以通过 MJ-1"干扰机"武器装载机轻松装载，但仍然需要大量人力来准确定位炸弹。
6月24日，F-105首次与米格-17交战，当时，2架米格-17拦截了一支雷公小队的"高空"分队，幸运的是，雷公飞行员们发现了自己"6点钟"方向的敌机。下方5000英尺处的第二支分队拉起迎击，其中一架米格机转身逃跑。"高空"分队追上第二架米格机并向其开火，但后者急忙转身逃走。
整个夏天，滚雷行动一直没有减弱，每两周的攻击周期与美国海军平分秋色。期间，大批F-105对安沛和安山(Yen Son)弹药库展开轰炸，后者占地面积达60亩，并连续产生二次爆炸。6月25日，563TFS中队将6架F-105转移到新山一机场，每架飞机在途中向越共阵地投下了16枚M117炸弹，充分展示了雷公的最大炸弹载量。
此时，F-105的武器库中也添加了新装备。7月11日，12TFS中队的喷气机首次向通往河内的主要铁路沿线投下了MLU-10延时地雷。17天后，他们又使用3000磅的M118通用低阻炸弹轰炸了清化大桥，再一次，虽然遭受了严重损坏，但桥梁还是屹立不倒。8月10日，12TFS中队使用这种武器轰炸奠边府(Dien Bien Phu)的永绥(Vinh Tuy)大桥时取得了更好的效果。13天后，美国政府允许对北越水电站的水坝和船闸进行一次性突袭。8枚M118落在班石(Ban Thach)发电厂内，而当天一共投放了228枚炸弹。
永绥的行动还见证了F-105首次使用AGM-12C小斗犬B导弹。改进后的小斗犬导弹配备了1000磅的弹头，而非AGM-12B的570磅弹头，可从距离目标10英里处发射。导弹发射后，飞行员使用导弹十字形尾部上的照明弹作为视觉参考来操纵导弹。虽然AGM-12B可以直接从战斗机的挂架上发射，但C型导弹必须先投下，再通过易碎电缆点火。 1966年7月27日，421TFS中队的詹姆斯.米切尔(James R Mitchell)上尉发射了一枚导弹，这一过程的危险性显而易见。导弹未能从挂架前部吊钩上正确释放，尾部倾斜向下，点火后击穿了F-105的主翼前缘，造成严重损坏。飞行员在他的座机(F-105D 61-0045)耗尽最后一滴液压油后弹射，并于纳空帕农府前进基地五英里处坠毁。
F-105D 61-0078 "SITTING PRETTY"携带着一串M117炸弹，其不同寻常序列号显示，以及机鼻上残留着黄色色带，表明此机之前由呵叻基地的12TFS中队使用。其的飞行员赫伯特.摩尔(Herbert W Moore Jr)上尉就是那些似乎已安全弹射，但从此便杳无音讯的飞行员之一。1967年9月3日，摩尔上尉驾驶61-0078号机在俯冲轰炸桑古(Xom Cul)大桥时被地面火力击落。
杰克.布劳顿对小斗犬的看法也并不罕见：
"我对这种导弹的唯一记忆就是发射它，然后看着它在天空中摇晃着滚动，离我瞄准的目标很远，但我确信它会击中地面上的某个地方。"
AGM-12的另一个问题是，北越军也学会了向AGM-12尾烟的末端开火，因为发射导弹的F-105就在那里。
地空导弹的战争
由于约翰逊政府禁止对1965年7月23日在北越启用的SA-2地空导弹阵地展开全面攻击，因此找到一种技术来帮助飞行员击败这一新的强大威胁至关重要。1965年4月，QRC-160-1电子对抗(ECM)在RF-101C照相侦察机上进行了试验，但气流振动振动阻碍了其有效使用。虽然SA-2第一次打下美机是在7月24日，但至9月30日前也没有一架F-105被地空导弹击落。
9TRS中队的首批RB-66C和EB-66E毁灭者于4月抵达战区，提供雷达干扰支援，4月6日，另有4架RB-66B和6架RB-66C进驻西贡的新山一机场，7月24日，这些飞机第一次捕捉到SA-2的"扇歌"雷达波，从此开始了与苏联地空导弹技术员的漫长的"雷达战争"。RB-66B起初在棕色摇篮行动中为F-105担当寻路机，这项技术是由F-105飞行员鲍勃.格林(Bob Green)上尉与RB-66B机组查尔斯.邵福勒(Charles Schaufler)上尉和比尔.马哈非(Bill Mahaffey)上尉之间的非正式对话而引起的。在能见度较差的棕色摇篮任务中，RB-66B将使用其K-5轰炸/导航设备(比任何这些战术喷气机上的设备都要好)带领F-105小队，可能还有B-57和F-4伴飞。RB-66领航员在投弹前向战斗轰炸机发出无线电"提示"，然后在其耳机上发出十秒钟的提示音。提示音停止后，所有飞机同步投弹。这种战术对那些雷达回波中可识别的目标非常有效。